1941年初皖南事变，新四军转移过程中被伏击，叶挺军长被扣押，项英政委下落不明（3月被叛徒杀害）。军部部队9000多人中，大部分牺牲或者被俘关押，只有不到2000人突围成功。
1941年2月18日，新四军军部在苏北盐城重建，将原有新四军和南下八路军整编，下辖7个师另1个旅，共9万余人。部队战斗序列和旅级以上干部建国后发展如下。
新四军军部
军长：陈毅元帅。
副军长：张云逸大将。
政治委员：刘少奇，开国领导人。
参谋长：赖传珠上将。
政治部主任：邓子恢，建国后国务院副总理。
政治部秘书长：邓逸凡中将。
参谋处处长：陈锐霆少将。
组织部部长：饶漱石，建国后华东地区书记。
宣教部部长：钱俊瑞，1955年当选中国科学院学部委员（院士）。
锄奸部部长：汤光恢少将。
供给部部长：宋裕和，建国后食品工业部副部长。
卫生部部长：沈其震，1955年当选中国科学院学部委员（院士）。
第一师，由苏北指挥部所属第一、二、三纵队组建。
师长：粟裕大将。
副师长：叶飞上将。
政治委员：刘炎，1946年11月因病去世。
政治部主任：钟期光上将。
第1旅旅长：叶飞上将。
第1旅副旅长：陈玉生，建国后江苏省政协副主席。
第1旅政治委员：叶飞（兼）。
第2旅旅长：王必成中将。
第2旅副旅长：段焕竞少将。
第2旅政治委员：刘培善中将。
第3旅旅长：陶勇中将。
第3旅政治委员：刘先胜中将。
第二师，由江北指挥部所属第四、五支队、江北游击纵队组建。
师长：张云逸（兼）
副师长：罗炳辉，1946年因病去世。
政治委员：郑位三，建国后因病休养。
第4旅旅长：梁从学中将。
第4旅政治委员：王集成少将。
第5旅旅长：成钧中将。
第5旅副旅长：林英坚，1941年11月，在黑郎庙战斗中牺牲。
第5旅政治委员：赵启民中将。
第6旅旅长：谭希林中将。
第6旅副旅长：孙仲德，建国后安徽省副省长。
第6旅政治委员：谭希林（兼）。
第三师，由八路军第五纵队第一、二、三支队改编。
师长：黄克诚大将。
副师长：张爱萍上将。
政治委员：黄克诚（兼）。
第7旅旅长：彭明治中将。
第7旅副旅长：田文扬中将。
第7旅政治委员：朱涤新，建国后第三机械工业部副部长。
第8旅旅长：田守尧，1943年3月去延安途中，在海上遭遇日军巡逻艇，激战中阵亡。
第8旅副旅长：常玉清少将。
第8旅政治委员：吴信泉中将。
第9旅旅长：张爱萍上将。
第9旅政治委员：韦国清上将。
第四师，由八路军第四纵队第四、五、六旅组建。
师长：彭雪枫，1944年9月，战斗中不幸中流弹身亡。
政治委员：彭雪枫（兼）。
第10旅旅长：刘震上将。
第10旅政治委员：康志强中将。
第11旅旅长：滕海清中将。
第11旅副旅长：张太生少将。
第11旅政治委员：孔石泉中将。
第12旅旅长：谭友林少将。
第12旅副旅长：黄思沛少将。
第12旅政治委员：赖毅中将。
肖县独立旅旅长：纵翰民，建国后南京市委党校教育长。
肖县独立旅政治委员：李砥平，建国后吉林省委书记。
第五师，由鄂豫挺进纵队改编。
师长：李先念，建国后国家领导人。
政治委员：李先念（兼）。
第13旅旅长：周志坚中将。
第13旅副旅长：肖远久少将。
第13旅政治委员：方正平中将。
第14旅旅长：罗厚福少将。
第14旅旅长：吴林焕少将。
第14旅政治委员：张体学，建国后湖北省省长。
第15旅旅长：王海山，建国后湖北省副省长。
第15旅副旅长：朱立文，1941年12月牺牲。
第15旅政治委员：周志刚少将。
第1游击纵队司令员：杨经曲，1948年牺牲。
第1游击纵队政治委员：张执一，中央统战部副部长。
第2游击纵队司令员：黄霖少将。
第2游击纵队副司令员：冯仁恩大校。
第2游击纵队政治委员：黄霖（兼）。
第六师，由江南指挥部和江南人民抗日救国军组建。
师长：谭震林，建国后国家副总理。
政治委员：谭震林（兼）。
第16旅旅长：罗忠毅，1941年11月，与日军激战中牺牲。
第16旅政治委员：廖海涛，1941年11月与日军激战中牺牲。
第18旅旅长：江渭清，建国后江苏省委书记。
第18旅政治委员：温玉成中将。
江南东路保安司令部司令员：何克希少将。
江南东路保安司令部政治委员：吴仲超，新中国首任故宫博物院院长。
江南西路保安司令部司令员：韦永义，建国后江苏省人民检察院检察长。
第七师，无为游击纵队、新四军第三纵队、皖南突围部队组建。
师长：张鼎丞，建国后最高检察院检察长。
副师长：傅秋涛上将。
政治委员：曾希圣，建国后安徽省委书记。
第19旅旅长：孙仲德，建国后安徽省副省长。
第19旅政治委员：曾希圣（兼）。
军部直辖
独立旅旅长：梁兴初中将。
独立旅副旅长：吴世安少将。
独立旅政治委员：罗华生少将。
军部特务团团长：熊应堂少将。
军部特务团团长：张闯初少将。
军部特务团政治委员：邱相田少将。
