努尔哈赤嫡子中排行第三的莽古尔泰了。莽古尔泰是富察氏所生，他被封为正蓝旗旗主，地位也是比较高的。只不过，富察氏被废之后，她的子女在努尔哈赤宫中的地位就变得很被动。根据皇太极的说法，莽古尔泰兄妹三人，经济上一度非常困难，多亏皇太极的周济才度过难关。莽古尔泰这个人，生性粗野。他痛恨母亲失去父亲的欢心，同时也为了讨好父亲，改善自己在嫡子中的不利地位，竟然在父亲下令赐死富察氏时，抢先一步手刃了生母，也就是亲手把母亲给杀死了。可能因为这件事影响太坏，清代文献里只留有一些侧面记载。关于富察氏究竟是被儿子杀死的，还是被努尔哈赤赐死的，也存在一定争议。不过，“手刃生母”这个说法的存在，以及莽古尔泰后来的一系列表现，都说明他的确是一个凶残粗野之人。代善、皇太极等同父异母的兄弟都不喜欢他，努尔哈赤也不会青睐这样的儿子。
比莽古尔泰再小一点的嫡子，就是皇太极了。和三位兄长相比，皇太极没有什么明显的污点，他在文化修养方面则明显优于前三位嫡子。有一种说法是，皇太极是努尔哈赤的16个儿子中唯一识字的。当然，早期满人本来就没有文字，满文是在努尔哈赤时代才刚刚发明的；能熟练掌握这种新文字的人，一开始自然不多。加上努尔哈家族过去看重马上功夫，对文化修养则不大重视；皇太极在“修文”方面的优长，更让他显得文武双全。
另外，皇太极还很擅长搞兄弟、叔侄关系。他和几位小贝勒私交特别好，其中就有阿敏的弟弟、镶蓝旗贝勒济尔哈朗，以及莽古尔泰的同母弟、正蓝旗贝勒德格类。代善的长子、后来的镶红旗旗主岳托，跟皇太极这位叔叔的关系，甚至比自己的父亲还要亲密。后来的事实证明，皇太极之所以能顺利继承努尔哈赤的汗位，并且在即位之后，还能把权力牢牢掌握在自己手里，这几位小贝勒起到了关键作用。努尔哈赤对皇太极这个儿子，也是很重视的。褚英死后，努尔哈赤就把他掌管的白旗交给了皇太极。不过，褚英这一系也没有彻底边缘化。等到八旗制度正式成形时，皇太极当了正白旗旗主，褚英的嫡长子杜度则成为镶白旗旗主：这算是努尔哈赤对嫡长孙的优待。
皇太极之下的嫡子，那就是努尔哈赤的第十子德格类了。德格类虽然和莽古尔泰是同母所生，但脾气秉性要比哥哥好很多。只不过努尔哈赤在废掉富察氏之后，对她生下的三个子女都不是特别满意，因此在分封八旗时，没有给德格类单独的一旗，而是把他归入了哥哥莽古尔泰的正蓝旗。在正蓝旗的领主里，德格类是地位最尊贵的一位，仅次于莽古尔泰。等到莽古尔泰死后，德格类也就顺理成章地接任了正蓝旗旗主的职位。
最后，是乌拉那拉氏阿巴亥给努尔哈赤生下的三个幼子——阿济格、多尔衮和多铎。他们在努尔哈赤的嫡子中，年纪最小。1626年努尔哈赤去世时，阿济格刚满二十二岁，多尔衮十五岁，多铎只有十三岁。注意了，中国古籍中提到年龄时，默认都是虚岁。和三四十岁的代善、皇太极等人相比，阿济格、多尔衮和多铎还是青少年，明显缺乏政治经验和显赫的军功。但是，努尔哈赤很疼爱这三个幼子，这大概是身为父亲的人之常情吧。
努尔哈赤把自己手中的两黄旗，分给了这三个幼子。阿济格是正黄旗旗主，多尔衮和德格类一样，随哥哥一起封在正黄旗，多铎则小小年龄就当上了镶黄旗旗主，可见努尔哈赤对小儿子的偏爱。一直以来都有一种说法：努尔哈赤临终前，想把汗位传给多尔衮。杜家骥先生认为，这种说法不成立。无论是从多尔衮不成熟的年纪，还是他没有早早当上旗主的事实看，努尔哈赤对他都没有格外垂青。不过，这三个幼子虽然年纪尚小，彼此却很团结，还手握两黄旗的势力。他们的母亲阿巴亥，则是努尔哈赤最后一位大妃。母子抱团，形成了不可小觑的政治能量，也深刻影响了努尔哈赤时代的政局。
