董健吾出生于1891年，上海市青浦县人，出生于一个信奉基督教的家庭。早年时期，董健吾曾在桃坞中学以及上海圣约翰大学神学院读书，在当时，这两所学校都是教会学校，董健吾也在学校中接受了系统地神学教育，为以后成为一名职业牧师奠定了基础。
1924年，董健吾被聘为正式牧师，开始了自己的传教历程。三年之后，董健吾被邀请前往河南，进入冯玉祥的部队任职。当时冯玉祥信奉基督教，人称“基督将军”，董健吾也因此接受了邀请，成为冯玉祥部队的随军牧师、宣传处秘书长，同时还负责教授冯玉祥的妻子与孩子学习英语。
当时冯玉祥的军队中有很多我党党员，在日常的工作与生活中，董健吾受他们影响较深。1928年，董健吾加入了我党，11月，他返回上海，继续在教堂担任牧师。1929年，在陈赓的邀请下，董健吾加入了中央特科，成为中央特科的情报人员。
中央特科是大革命失败后我党在上海成立的政治保卫机构，主要任务是打击敌人、保卫自己。当时董健吾是牧师，他的这一身份能接触到很多外国人，对开展情报工作十分有利。同时，他也把获取的情报及时汇报给特科，在极端复杂的革命斗争中发挥了重要的作用。
1930年，董健吾奉命创建了大同幼稚园，主要负责收养烈士遗孤与其他党员的子女，包括岸英、岸青、澎湃的儿子、恽代英的女儿、蔡和森的儿子、李立三的女儿等，都曾在这所幼稚园中学习生活。为了保护这些孩子，董健吾还想方设法让国民党元老于右任为幼稚园题词，特务见状后也不再检查幼稚园。
1931年，顾顺章叛变后上海的地下组织遭到大规模破坏，不久后，幼稚园的一位教员外出后失踪，为了保护这些孩子，董健吾决定解散幼稚园。虽然解散了幼稚园，但董健吾继续收养了岸英、岸青兄弟，只是随着时局的变化，董健吾自己的生活也日益窘迫，但即便如此，他还是力所能及地照顾岸英、岸青兄弟。
值得一提的是，董健吾曾多次完成重要护送任务，比如1936年年初，他受宋庆龄委托，护送一封来自宋子文的密信前往陕北。这封密信对后续构建抗日民族统一战线发挥了重要作用。也是这一年，董健吾还护送著名的国际友人斯诺前往陕北采访，当时延安方面急需一位西方记者报道根据地的客观情况，董健吾也圆满完成了这次护送任务，并与斯诺结下深厚友谊。
完成护送斯诺任务后，董健吾还想方设法把岸英、岸青兄弟送到苏联。此后董健吾返回上海，不久后因为情况变化，与他单线联系的潘汉年前往香港，董健吾也因此与组织失去联系。新中国成立后，董健吾留在上海工作，1955年，潘汉年被捕后，董健吾也受到牵连，被捕入狱。
次年，在总理的保护下，董健吾恢复自由。1961年，董健吾被安排担任上海市人民政府参事室参事，得到组织的照顾，生活有了妥善保障。可惜的是，1966年，十年浩劫开始后，董健吾受到极大的冲击，1970年，他因病去世，享年79岁。在董健吾去世后八年，相关部门为他平反，恢复了他的一切名誉。
