日照海关的历史最早可追溯到1898年。1861年，清政府在烟台设立了"东海关",民国成立后改称"山东海关监督公署"，下设若干分关、分卡，管理全省沿海口岸进出境活动。
1898年，清政府又在青岛设立了"胶澳海关"，下设若干分关、分卡，管理胶州湾各口岸进出境活动。其中在石臼所、涛雒等海口设分关。
据省档案馆所存旧《山东省职员录》第一期（财政厅部分）记载，1927年隶属山东海关监督公署的石臼分关关长是侯书增，字益堂，掖县人；但该分关设立和撤销的时间及中间的演变无考。
1938年1月10日，日本侵略军占领青岛。当月30日，即农历年除夕，盘踞青岛的日军派汉奸叶碧桐来石臼所，伙同官僚资本家贺某某对国民党日照县政府劝降，企图在石臼所设立海关。正月初一这天，国民党日照县政府在全县人民抗日激情的压力和流亡来的韩复集部军法处长史景州及胶县、高密等七县县长的支持下将叶逮捕，次日，在其县政府驻地十里铺东门外处死。当天，日军从青岛派出两架飞机来石臼所、日照城上空撒传单，通牒限期交出叶，得知叶已被处死，遂于正月初六又从青岛派出飞机两架、军舰三艘，对石臼所、日照城进行报复性的狂轰滥炸，成为轰动当时的"叶碧桐事件"。
1939年6月15日，驻青岛的日寇海军陆战队百余人占领了石白所、日照城，拼凑了日伪县政府和维持会，在石臼所设立了"船舶联合局"，二年后改称"华北航业总公会石臼办事处"，行使海关职权。
1946年2月，山东省工商管理总局第二分局日照支局设立石臼、涛雒、安东卫、王家滩4个海口事务所，即海关机构。
1947年6月，日照工商支局经上级批准，将涛雒、安东卫2个海口事务所改建为海关，石臼海口事务所归涛雒海关领导。
1948年初，涛雒海关撤销，合并到安东卫海关，石臼海口事务所随归安东卫海关领导。
1951年3月，安东卫海关和石臼海口事务所撤销。
1984年6月7日，在建设石臼港的同时，石臼海关开始筹建。
1985年12月22日，正式成立石臼海关，为处级单位，隶属青岛海关。
1986年5月19日，举行开关仪式，正式对外行使职权。1992年更名为日照海关。
从领导任职情况看，1985年12月，任鹤年任石臼海关副关长主持工作，同时，安丰彩、姚宝德任副关长。
1986年9月，任鹤年任关长。1988年10月，安丰彩任副关长，主持工作，王和勇任副关长。
1990年5月，安丰彩任关长。1992年3月，张曙光任日照海关副关长。1993年6月，张龙军任关长。
以后的变迁，不再写了。
现存的石臼海关老办公楼位于市区黄海一路东段路北，由石臼港建设指挥部建设，主体为砖混结构，设计抗七级地震，1984年5月10日开工，1984年12月29日竣工，面积3572.86平米，为日照早期重要的临港产业设施，为研究日照港口经济发展提供了参考依据。
