1968年，上级调任担任军长的吴忠担任北京卫戍区第一副司令，成为副兵团职。
仅仅2年后，就提拔为卫戍区司令，虽然只是正兵团职，比起大军区、军兵种副职来说职务低了一点，实际上职权可与大军区、军兵种主官比肩。
自1966年，北京卫戍区扩编为兵团级单位，担负的使命越来越重，列席重要会议都有卫戍区主官的身影。卫戍部队直接由中央军委以及总参下达任务，其他单位无权调动。即便是隶属北京军区也不行。
卫戍区是保护在京老干部，担负中央首长以及中央机关单位守卫任务，还有首都的稳定。
对于吴忠来说，直接接触上层工作，各方面机密，尤其在特殊时期处理的更多。过去傅崇碧担任卫戍区司令兼北京军区副司令，温玉成担任卫戍区司令兼副总长。吴忠担任不兼副总长，也不兼军区副司令，只是正兵团职。
上级为何要这样呢？
在傅崇碧去职时，被扣上山头主义的帽子；温玉成去职时，也因一些原因。这样就形成一种情况，卫戍部队主官不要与其他有工作上的牵连，专注于警卫工作。不让兼任北京军区副司令，或许不希望卫戍区与军区发生工作上的联系，要保证卫戍区在中央的直接领导下，
在吴忠担任卫戍司令7年里，做很多工作。这个职务不仅仅要有军事头脑，更要有政治头脑，在纷繁复杂中，理清思路，如何保证正确方向并不容易。傅崇碧、温玉成去职，也使得他在各方面工作上更机警。
也在特殊时候，做了一些不合适的工作。比如在1976年清明节发生的事件中，执行了一些命令，对后来造成不小影响。1977年，随着揭查批受到上级批评，并将其调离，派傅崇碧、吴烈进行整顿。
老战友曾经遇到他，知道他身居要职，也提醒过不要被人利用。对此，他个人也是清楚的，有些在当时没办法拒绝。让他去抓人，而且是被下达死命令，只能是执行。吴忠是抵制的，但吴德也没有办法：这样不行，你说该怎么办？
如果广场的人有几十万，如果都追查，打击面太大，吴忠难以回避这项工作，必须具体指导这项工作，让他陷入两难境地。当四人帮被粉碎，他的问题也被提起来，最终被调去广州军区工作。1980年，对他下达命令免去职务，被审查8年，最终给予公正结论，是执行问题。为他55年军旅生涯画上句号。
