第一章：董福祥平定河湟之乱的背景与战前部署
1895年八月，董福祥抵达甘肃开始平定河湟叛乱，清政府要求他优先解除河州之围再支援西宁，根据实际情况灵活选择关键路线行动。还命令直隶总督王文韶调拨数万磅洋火药送往董福祥的军营。与此同时，马福禄根据杨昌溶的命令，招募士兵组建安宁营从北路出发支援河州，并在莲花城扎营。
八月初，董福祥率领军队到达平凉，董福祥了解到大多数金积堡的回民去河州参加叛乱，清水张家川等地的回民纷纷出售牲畜、购买武器，局势很紧张。董福祥随即指示幕府起草并印制数千份告示，劝说宁夏回民保持稳定，让宁灵厅数万回民从河州返回，削弱河州的回民力量。
八月二十六日，董福祥抵达定西与当地官员商讨剿灭回民军的方案，他们决定采取剿抚结合的策略，指派马安良为先锋，带领骑兵和步兵前往狄道康家崖。让马福禄等人策动马永琳、马永瑞兄弟投降，以分化瓦解回民军。董福祥计划从定西出发，向西推进直指河州；让牛师韩部七营开赴平戎驿；让李良穆领导的省军马步14营配合董军攻向河州。为了增强攻势，清廷还调动了洮州杨土司的藏兵协助剿匪，并指挥何建威从景谷城一带进兵，李良穆则由白塔寺出发，形成了三路合围河州的攻势。
第二章：河州之战进程
十月，配备了德制最新大炮和毛瑟步枪的董福祥甘军抵达狄道，清政府叮嘱他渡过洮河后，每一步都要小心谨慎，由于回民军的枪炮较少，且官军的辎重和军火都在后方，必须特别防备回民军从后方进行伏击。董军推进至洮河时，黄云早已准备好牛皮筏数十座帮助董军渡河。董军凭借这些皮筏强行渡过洮河，随即展开攻势，目标直指虎狼关。虎狼关地势险要，是兵家必争之地。董军先锋丁漈清率军抵达洮西的王家坪后，命令士兵开挖战壕，并埋伏待机。回民军得知清军到来，立即从虎狼关冲出，披发赤眉，手持利刃，气势汹汹，似乎难以抵挡。丁漈清让清军士兵等到回民军逼近战壕不到百步时开火反击，回民军在猛烈的火力下死伤惨重，无奈之下退守虎狼关。随后丁漈清立即展开猛烈攻击，虎狼关一带被清军成功占领。战败的回民军逐渐向康家崖一带集结。
十月初三日，董福祥率军抵达康家崖，亲自勘察地形并进行周密部署。四日黎明，他下令发起总攻，回民军难以抵挡，纷纷向三甲集方向溃退，并挖掘壕沟、筑起防御工事抵御清军的追击。八日黎明，董福祥亲自督战，指挥全军与马安良的回勇四营一道渡河，分为左右翼三面包围回民军。然而，回民军在“河西坚卡重壕”顽强抵抗，并在地形上巧妙布置了多处陷阱，埋伏枪炮准备伏击清军。清军与回民军展开了激烈的交火，持续三个小时，最终回民军不敌清军强大的火力，战败溃逃。清军乘胜追击，斩杀回民军一千余人，成功占领三甲集。同时，太子寺一带的回民军在清军打击下纷纷投降，枫台堡的回民军也已人去楼空，洮河两岸基本被清军控制。董福祥随即带领大军，继续向河州城挺进。
董福祥认为河州本是贼巢，时起时伏，手段狡猾，他决定采取“以回制回”的策略。马永琳得知董福祥已经逼近城下，心中大惊，焦虑之下对手下说道自己恐怕是活不成了！看到马永琳如此气馁，手下的士兵也纷纷向西逃入积石关。最终，马永琳和马永瑞兄弟先被马福禄诱降，随后被董福祥俘获并囚禁。十一月初十，董福祥将马永琳、周奇试、闵伏英等一百三十七名回民首领全部斩首示众，震慑四方。围困了五个月的河州城终于被解围。清政府要求董福祥彻底清除河州一带的余匪，尽早平定战事。董福祥先后收缴回民的粮草、武器和马匹，并指挥部队搜捕屠杀了二千余人，其中多数是已归降的普通回民百姓，手段极为残酷。
第三章：西宁平叛行动
1895年11月董福祥开始前往平定西宁的叛乱，他改变了此前“剿抚兼施”的策略，开始采取“一意主剿”的方式，对回民展开了大规模的屠杀。他命令右军统领副将何得标和左军统领副将张新铭各率部队从河州大河家出发，进攻巴暖营（今青海民和南）。十二月初，何得标和部队则向西宁南川的申中堡等地发起进攻，南川数千名回民前往府城表示愿意投降，但何得标为了立功邀赏，最终将这些回民屠戮。1896年正月，陕西巡抚魏光焘带领部队赶到西宁，陕甘总督陶模也派兵由甘州直扑北大通。各路援军合计七八十营，清军在兵力上占据了绝对优势，西宁被严密包围。清军攻占了西川的苏家堡，并围攻了哆吧。哆吧回军首领马大头被自己的部下所杀，剩余的部队纷纷归降清朝。
三月，董福祥率军攻占了巴燕戎格厅，马成林、韩努力和冶主麻等回民首领被处决。随后，董福祥派遣道员张成基与何得标率领八营兵力，进攻西宁北川的后子河。回军大败，由刘四伏指挥逃往柴达木，部分回民退至新疆，大部分则在敦煌一带被杀或被招抚。在后子河战役中，何得标的部队杀戮回民超过一万，被枪毙或坠涧落崖死者更是不计其数。张新铭指挥的部队多次进攻西川的哆吧未果，最终进行报复，幸存的老弱孤寡回民被清军家家搜查，银钱粮草一空，衣食无着。连陶模也曾批评道：“董帅移节西宁后肆意行凶，所部弁勇放肆淫掳，惨状不忍目睹。”
第四章：事变后续影响
第三次河湟事变之后，马安良、马福禄等马家军阀在腥风血雨中兴起，花寺门宦则在这次事变后衰落。
