当地时间 4 月 14 日，哈佛大学拒绝了特朗普政府对其提出的 “整改” 要求，成为第一所直接拒绝特朗普政府要求的大学。对此，特朗普政府宣布冻结向哈佛大学提供的 22 亿美元拨款和价值 6000 万美元的合同。
此前，特朗普政府反犹主义工作组于本月早些时候向哈佛大学发出信函，要求该校采取九项行动，包括全面禁止佩戴口罩，改革学校治理、领导层和招生制度，并终止多元化、公平和包容性（DEI）项目等内容。此外，哈佛大学还被要求对所有现任和未来的教职员工进行学术剽窃检查，与特朗普政府共享所有招聘数据，并在 “改革实施” 期间接受招聘审计，此项措施至少持续到 2028 年；向联邦政府提供所有录取学生数据，包括被拒绝和被录取的申请人的信息，按种族、国籍、平均成绩和标准化考试成绩分类等。
特朗普政府表示，哈佛大学 “反犹主义记录恶劣”，要求该校对学术项目进行全面整顿，包括对神学院、教育研究生院、公共卫生学院和医学院等某些院系和项目实行外部审计。
但哈佛大学方面辩称，该校在过去 15 个月内已做出重大改变，旨在改善校园氛围和 “打击反犹主义”，其中包括对违反大学政策的学生进行纪律处分、向促进意识形态多样性的项目投入资源以及加强校内安全保障。“遗憾的是，政府忽视了学校的努力，反而以非法方式侵犯学校的自由。”
哈佛大学校长艾伦・加伯在 14 日的声明中写道，政府的指示超越了联邦政府的权力，侵犯了宪法第一修正案赋予哈佛大学的权利，也超出了《1964 年民权法》第六章赋予政府的法定权限。“任何政府 —— 无论哪个政党执政 —— 都不应该规定私立大学可以教授什么课程、可以招收和聘用哪些学生，以及可以从事哪些领域的探索和研究。”
美国教育理事会主席特德・米切尔将哈佛大学的回应描述为 “一份路线图，指引各机构如何反对政府干涉学校决策”，他表示，哈佛大学的做法可能会鼓舞其他高校的领导，让他们 “松一口气”。米切尔说，“这给了其他人机会站出来，部分原因是如果哈佛不这么做，就相当于对其他人说，‘你们没有机会’” ，“无论是反犹太主义，还是择优录用、择优录取，学术事业的基本结构都应该由大学而不是政府来决定”。
实际上，在特朗普政府的施压下，此前已有多所美国高校选择妥协。例如，因在去年声援巴勒斯坦抗议活动中扮演主要角色，哥伦比亚大学成为特朗普政府的打压重点。3 月 7 日，美国打击反犹主义联合工作组表示，由于哥大未能抑制校园内的反犹主义，将撤回针对该校发放的 4 亿美元拨款。3 月 21 日，哥大同意特朗普政府要求该大学进行的一系列全面改革，以恢复被暂停的联邦拨款。
而据美国媒体 9 日报道，特朗普政府的一位官员称，政府已冻结对康奈尔大学的逾 10 亿美元联邦资金，以及对西北大学的 7.9 亿美元资金。包括哈佛大学、普林斯顿大学、布朗大学和宾夕法尼亚大学在内的知名院校，目前已有超过 100 亿美元的联邦资金被撤回、暂停或正在接受审查。
面对特朗普政府的资金威胁，连日来，也有多所美国高校展开法律行动。4 月 10 日，美国大学教授协会哈佛大学教职员工分会和该学术组织的全国分支机构在波士顿联邦法院提起诉讼，以阻止政府审查授予该校的约 90 亿美元联邦合同和拨款。当地时间 14 日，美国 9 所主要研究型大学和 3 所大学协会联合起诉特朗普政府，要求恢复能源部上周削减的 4 亿美元资金，原告包括布朗大学、加州理工学院、康奈尔大学、伊利诺伊大学、麻省理工学院、密歇根大学、密歇根州立大学、普林斯顿大学和罗切斯特大学。参与诉讼的学校之一康奈尔大学的校长迈克尔・科特利科夫在一份声明中表示，资金所涉及的研究 “对国家安全、美国制造业、经济竞争力和能源独立进程至关重要” 。
特朗普政府针对高校的一系列举措，符合其更广泛的政策议程，即减少合法和无证移民的数量，并迫使大学打击其所说的猖獗的校园反犹问题。而这一系列动作，也给美国高等教育界带来了巨大冲击，未来美国高校与政府之间的博弈，以及这些政策对美国高等教育、科研创新等方面的长远影响，仍有待持续观察。
