1948年初夏，经过4纵12旅和38军17师在陕南斗争，开辟一片很稳定的根据地，上级决定组建陕南军区，让刘金轩担任司令，陈先瑞担任政委，两分别是这两支部队的主官。
陈赓将陈先瑞叫去谈话，开门见山说道：有大任于你，不知道能否扛得起！上级考虑你来担任军区政委，想听听你的意见，如果有意见可以变得，没有意见就上报。
陈先瑞过去担任过政委，一次在土地革命时期的红25军，担任营教导员、团政委；抗战后期挺进豫西后，担任军分区司令兼政委。
相比参军多年，担任军事干部时间更久一些。因此他觉得自己干军事不惧，干政治工作没有多少经验，直截了当说不愿做政治工作，希望继续干军事。
这就把陈赓、谢富治给难住了，上级的设想就是两支部队开辟陕南根据地，一支队伍出一个主官，刘金轩当司令，他当政委，这样安排很妥当。如今陈先瑞不想当政委，想干军事工作，是不是希望改任司令？
根据作战情况，以及领导部队情况来说，谁强优先于谁。刘金轩的12旅多能打？即便是后来转入地方，也照样跟着中原野战军主力打大兵团野战。不了解这支部队人，可能轻易把它当作地方部队，实际上可不简单。如果陈先瑞担任司令，作战方面会不会受到影响，毕竟军区作战以12旅为主，更何况刘金轩的资历不低，战功不低。
谢富治直接说：你不愿意当政委，我们就不好安排了，可以先考虑一下。陈先瑞说：如果组织考虑不好安排，自己可当军事助手，并非要当司令。
看到他的态度后，陈赓表示，让他担任军区副司令，这样可以负责军事工作。
陈赓也对他进行一番心理建设，不找其他人谈话，只找你谈话是因为军事转为政工，可能会有情绪。因为要考虑你的感受，才叫你来谈话。
虽然担任军区副司令，可司令去打大兵团作战，军区军事工作由他负责。他的任务就是配合地方展开根据地建设，以小部武装清剿土匪，帮助各级政府建立地方武装，组织民兵、游击队。
1949年，渡江战役时，陈赓司令想把12旅调回野战军，参加南下作战。这支部队过去就是4纵的部队，因建立地方根据地才地方化。军区任务如果12旅走了，胡宗南的部队力量还在，不容易将其牵制和消灭，也让后方不安，最终同意12旅留下。
新中国成立后 ，陕南军区撤销，成立陕西军区后，陈先瑞担任副司令等职。
