接上篇,我们介绍了如何在 GraphPad 中创建图表。今天学霸菌主要讲解它的数据统计分析功能及图表的多种导出格式。
图源:https://academic.oup.com/nar/article/49/8/4421/6225232?login=falsehttps://www.nature.com/articles/s41586-024-08532-4
一、数据统计分析功能
GraphPad Prism 提供了从基础到高级的多种统计分析方法,以下是 GraphPad Prism 主要统计分析功能,大家可以根据数据类型和研究需求选择合适的分析工具。
1
基础统计分析:
正态性检验:通过 Shapiro-Wilk 检验或 Kolmogorov-Smirnov 检验判断数据是否符合正态分布。
t 检验:包括独立样本 t 检验、配对样本 t 检验和单样本 t 检验,用于比较两组数据的均值差异。
单因素方差分析(ANOVA):用于比较三组或以上数据的均值差异,支持多重比较校正(如 Tukey、Bonferroni 等方法)。
2
非线性回归分析:
曲线拟合:支持多种非线性回归模型(如指数增长、Logistic 曲线、Sigmoidal 曲线等),自动计算拟合参数和 R² 值。
剂量反应曲线:用于分析药物剂量与生物效应之间的关系,支持 IC50/EC50 计算。
3
生存分析:
Kaplan-Meier 曲线:用于分析生存数据,支持 Log-rank 检验比较组间差异。
Cox 比例风险模型:用于多因素生存分析。
4
相关性分析:
Pearson 相关性:用于分析连续变量之间的线性关系。
Spearman 相关性:用于分析非正态分布数据或等级数据的相关性。
5
高级统计分析:
主成分分析(PCA):用于降维和数据可视化。
聚类分析:支持层次聚类和 K-means 聚类。
时间序列分析:用于分析时间相关的数据趋势。
6
自动化分析:
一键分析:根据数据类型自动推荐合适的统计方法,简化分析流程。
批量分析:支持同时对多组数据进行统计分析,提高效率。
在导入数据并创建出对应的图表后
数据统计分析具体操作如下
选择「Analyze」,根据研究需求选择对应的分析方法进行分析。
Step 2:
选择「Draw」选择相应的标记方法。
Step 3:
选择「文本标记图标」进行统计结果的标记。根据发表需求可以标记为:p < 0.05 或 * 。
二、图表导出格式
GraphPad Prism 提供了多种图表导出格式,用户可以根据需求选择适合的格式,以便在论文、报告或演示中使用。选择「Export」可以根据研究需求选择不同的导出格式。以下是常见的导出格式及其特点:
1
图像格式:
PNG:PNG 格式是一种无损压缩图像格式,支持透明背景,适合用于网页展示和需要透明背景的场合。然而,PNG 格式的分辨率相对较小,可能不适合用于打印或出版高质量图像。
JPEG:JPEG 格式是一种压缩图像格式,适合用于网页展示和快速传输。然而,由于 JPEG 格式是有损压缩,因此在需要高质量输出的场合(如打印或出版)可能不太适合。
TIFF:TIFF 格式是一种位图格式,适合用于高质量的图像输出。期刊通常要求 1,200 点/英寸(dpi)的 TIFF 文件,以确保图像的清晰度。此外,TIFF 格式还支持选择透明背景,方便与其他图像或文本进行组合。
BMP:无损格式,文件体积较大,适合需要高质量图像的场景。
2
矢量格式:
PDF:矢量格式,PDF 文件对矢量和字体进行编码,因此生成的文件可以拉伸至任何尺寸而不会降低质量。PDF 格式是在 Mac 程序之间传输图像的首选,同时也适合用于打印和出版。
EPS:矢量格式,是一种矢量图像格式,与 PDF 类似,支持无限分辨率和透明背景。EPS 格式常用于出版和打印高质量图像,适合用于专业排版软件(如 Adobe Illustrator)。
SVG:矢量格式,适合用于网页或交互式图表。
选择「Send」,可以将多个图表内容导出为一个 PDF 文件;也可以导出为 PowerPoint 幻灯片。
PDF文件:将多个图表合并为一个 PDF 文件,方便整体导出。
PowerPoint:将图表直接导出为 PowerPoint 幻灯片,方便在演示中使用。
选择「File」「Save」后,可以保存为 .pzfx 格式。
Prism 项目文件:保存为 .pzfx 格式,方便后续编辑和修改。
总结
如何在 GraphPad Prism 中,应用不同的高级统计模型。
题图来源:图虫创意
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