康熙二十二年十二月二十日（1683年），施琅上奏《恭陈台湾弃留疏》，力陈台湾弃留之利害，从东南海疆战略要地的高度，详细论述了台湾的开发价值及对东南沿海海防的重要地位，坚决主张积极经略台湾。
康熙二十三年初，康熙征求议政王、贝勒、大臣、九卿、詹事、科道会议，以及汉大学士李霨、王熙等的意见。
施琅因亲历台地及其海上用兵的经验，对台湾的状况和地位有更为深入的了解，其主张具有很强的说服力。如李霨认为，“据提督施琅奏云，台湾有地数千里，人民十万，弃之必为外国所踞，奸尻之徒竄匿其中，亦未可料，臣以为守之便”。此外侍郎苏拜以及都察院左御史赵麟等均上疏支持施琅的意见，认为守住台湾才能杜绝海滨之祸患。
经过充分讨论，清政府的决策层强化了对台湾重要性的认识。 康熙皇帝最后裁决，“台湾弃取，所关甚大，镇守之官三年一易亦非至当之策，若徙其人民又恐致失所，弃而不守，尤为不可”，并采纳施琅等人的建议，在台湾设置一府三县，派驻班兵，在澎湖设置巡检司，台澎纳入福建省管辖。由此，中央政府正式将台湾纳入全国统一的行政管辖体系，台湾自此之后更加牢固地成为中华大一统版图密不可分的一部分。
附录：
施琅：《恭陈台湾弃留疏》
(康熙二十二年十二月二十二日)
太子少保、靖海将军、靖海侯、兼管福建水师提督事务、臣施琅谨题。为恭陈台湾弃留之利害、祈睿裁事：窃照台湾地方，北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道迂回，乃江、浙、闽、粤四省之左护；隔离澎湖一大洋，水道三更余遥。查明季设水澎标于金门所，出汛至澎湖而止，水道亦有七更余遥。台湾一地，原属化外，土番杂处，未入版图也。然其时中国之民潜至、生聚于其间者，已不下万人。郑芝龙为海寇时，以为巢穴。及崇祯元年，郑芝龙就抚，将此地税与红毛为互市之所。红毛遂联络土番，招纳内地人民，成一海外之国，渐作边患。至顺治十八年，为海逆郑成功所攻破，盘踞其地，纠集亡命，挟诱土番，荼毒海疆，窥伺南北，侵犯江、浙。传及其孙克塽，六十余年，无时不仰廑宸衷。
臣奉旨征讨，亲历其地，备见野沃土膏，物产利薄，耕桑并耦，鱼盐滋生，满山皆属茂树，遍处俱植修竹。硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需，无所不有。向之所少者布帛耳，兹则木棉盛出，经织不乏。且舟帆四达，丝缕踵至，饬禁虽严，终难杜绝。实肥饶之区，险阻之域。逆孽乃一旦凛天威，怀圣德，纳士归命；此诚天以未辟之方舆，资皇上东南之保障，永绝边海之祸患，岂人力所能致？
夫地方既入版图，土番、人民，均属赤子。善后之计，尤宜周详。此地若弃为荒陬，复置度外，则今台湾人居稠密，户口繁息，农工商贾，各遂其生，一行徙弃，安土重迁，失业流离，殊费经营，实非长策。况以有限之船，渡无限之民，非阅数年难以报竣。使渡载不尽，苟且塞责，则该地之深山穷谷，窜伏潜匿者，实繁有徒，和同土番，从而啸聚，假以内地之逃军闪民，急则走险，纠党为祟，造船制器，剽掠滨海；此所谓藉寇兵而赍盗粮，固昭然较著者。甚至此地原为红毛住处，无时不在涎贪，亦必乘隙以图。一为红毛所有，则彼性狡黠，所到之处，善能蛊惑人心。重以夹板船只，精壮坚大，从来乃海外所不敌。未有土地可以托足，尚无伎俩；若以此既得数千里之膏腴复付依泊，必合党伙窃窥边场，迫近门庭。此乃种祸后来，沿海诸省，断难晏然无虑。至时复动师远征，两涉大洋，波涛不测，恐未易再建成效。如仅守澎湖，而弃台湾，则澎湖孤悬汪洋之中，土地单薄，界于台湾，远隔金厦，岂不受制于彼而能一朝居哉？是守台湾则所以固澎湖。台湾、澎湖，一守兼之。沿边水师，汛防严密，各相犄角，声气关通，应援易及，可以宁息。况昔日郑逆所以得负抗逋诛者，以台湾为老窠，以澎湖为门户，四通八达，游移肆虐，任其所之。我之舟师，往来有阻。今地方既为我得，在在官兵，星罗棋布，风期顺利，片帆可至，虽有奸萌，不敢复发。臣业与部臣苏拜、抚臣金鋐等会议之中。部臣、抚臣未履其地，去留未敢进决；臣阅历周详，不敢遽议轻弃者也。
伏思皇上建极以来，仁风遐扬，宜声远播，四海宾贡，万国咸宁；日月所照，霜露所坠，凡有血气，莫不臣服。以斯方拓之土，奚难设守，以为东南数省之藩篱？且海氛既靖，内地溢设之官兵，尽可陆续汰减，以之分防台湾、澎湖两处。台湾设总兵一员、水师副将一员、陆师参将二员，兵八千名；澎湖设水师副将一员，兵二千名。通共计兵一万名，足以固守。又无添兵增饷之费。其防守总兵、副、参、游等官，定以三年或二年转升内地，无致久任，永为成例。在我皇上优爵重禄，推心置腹，大小将弁，谁不勉励竭忠？然当此地方初辟，该地正赋、杂饷，殊宜蠲豁。见在一万之兵食，权行全给。三年后开征，可以佐需。抑亦寓兵于农，亦能济用，可以减省，无庸尽资内地之转输也。
盖筹天下之形势，必求万全。台湾一地，虽属多岛，实关四省之要害。勿谓被中耕种，犹能少资兵食，固当议留；即为不毛荒壤，必藉内地挽运，亦断断乎其不可弃。惟去留之际，利害攸系，恐有知而不言。如我朝兵力，比于前代，何等强盛，当时封疆大臣，无经国远猷，矢志图贼，狃于目前苟安为计，划迁五省边地以避寇患，致贼势愈炽而民生颠沛。往事不臧，祸延及今，重遗朝廷宵旰之忧。臣仰荷洪恩，天高地厚，行年六十有余，衰老浮生，频虑报称末由。熟审该地形势，而不敢不言。盖臣今日知而不言，至于后来，万或滋蔓难图，窃恐皇上责臣以缄默之罪，又焉所自逭？故当此地方削平，定计去留，莫敢担承，臣思弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉。会议之际，臣虽谆谆极道，难尽其词。在部臣、抚臣等耳目未经，又不能尽悉其概，是以臣于会议具疏之外，不避冒渎，以其利害自行详细披陈。但事关朝廷封疆重大，弃留出自干断外，台湾地图一张，附马塘递进御览。缘系条议台湾去留事宜，贴黄难尽，伏乞皇上睿鉴施行。
八闽绅士公刊原评：
台湾削平之后，持议者莫不曰，此一块荒壤，无用之地耳，去之可也。汉刘安谏伐闽疏曰，得其地不足以耕，得其人不足以臣，即此之谓矣。殊不知此岛北连三吴，南接两粤，实江、浙、闽、粤之左护，弃之则红毛巢穴于其中，勾连匪类，久而生变，此其为害匪细故也。公身历其地，熟识情形，特疏恳留，条陈详悉，为沿海计万全，为朝廷图治安，诚深且远也。而所最快心者，以当时封疆大臣，无经国远猷，矢志图贼，狃于目前苟安为计，画迁五省边地以避寇患，致贼势愈炽，民生顾沛，往事不臧，延祸及今，重贻朝廷宵旰之忧；此公之所以叹息痛恨于当日者也。今台湾、澎湖文武官僚，建设分治，区画咸宜，鸡犬桑麻，境内乂安，是皆公日夜焦劳，深思远虑，而为此久安长治之至计者也。边海长城，天南锁钥，非公其孰当此者乎！
（资料来源：台湾文献丛刊）
