在2018年的跨军地改革之前，公安边防部队在云南我国这个沿边大省部署了副军级的云南省公安边防总队（同时也称作“武警云南边防总队”）。云南省公安边防总队是一支非常精锐的现役力量，作风过硬、战斗力强，主要由公安部边防管理局实施垂直管理，同时接受云南省委省政府的业务领导。
在职责任务方面，云南省公安边防总队的主要任务有：依法履行边境地区治安管理职责，防范、打击边境地区各类违法犯罪及境内外敌对势力的渗透破坏活动，依法对出入境人员和交通工具实施边防检查，打击走私、贩枪贩毒等跨境犯罪活动，开展湄公河联合巡逻执法，服务边疆经济建设、促进边境社会和谐。
当时，总队机关设有司令部、政治部和后勤部，下辖机动支队、水上支队、文山公安边防支队、红河公安边防支队、普洱公安边防支队、西双版纳公安边防支队、临沧公安边防支队、德宏公安边防支队、保山公安边防支队、怒江公安边防支队、13个现役边防检查站以及其他总队直属力量。其中，云南公安边防总队水上支队于2011年12月9日才正式挂牌成立，也是总队最晚成立的支队，主要负责在湄公河流域开展联合巡逻执法、维护湄公河国际航运安全。
但在2018年底，根据中央对于跨军地改革的统一部署，云南省公安边防总队（即武警云南边防总队）整体退出现役，其中主体是转隶国家移民管理局，改编为正局级的云南出入境边防检查总站，现役编制转为人民警察编制。2019年1月1日，云南出入境边防检查总站正式挂牌成立，同时加挂“云南省公安厅边境管理总队”牌子，但实际上云南出入境边防检查总站是由国家移民管理局实施垂直管理、与云南省公安厅并无隶属关系。
此外，云南省公安边防总队（即武警云南边防总队）还有部分力量如水上支队是转隶云南省公安厅，并改编为云南省公安厅水上巡逻总队。2019年1月1日，云南省公安边防总队水上支队集体退出现役，现役编制转为人民警察编制，改建更名为“云南省公安厅水上巡逻总队”，后于2021年4月26日正式挂牌运转。
据公开资料显示，云南出入境边防检查总站机关及其直属单位设在云南省会昆明市，同时在昆明、丽江、西双版纳和芒市设有4个正处级的空港出入境边防检查站，在文山、红河、普洱、西双版纳、临沧、德宏、保山、怒江等边境州（市）设有8个正处级的边境管理支队，另外还领导管理着12个正处级的陆地（含铁路、水港）出入境边防检查站。各边境管理支队同时下辖相应的边境管理大队（设在沿边县、县级市一级），各边境管理大队又下辖相应的边境派出所（设在沿边乡镇一级）。
根据职责分工不同，各出入境边防检查站主要负责对出入国（边）境的人员、交通运输工具实施出入境边防检查，对口岸限定区域进行管理，审核签发外国人临时入境许可，实施边控工作，防范查处非法入出境活动等。而各边境管理支队则是主要负责进出边境管理区人员、交通运输工具的检查管理，边境地区治安、户籍管理，边境地区出入境通行证等签发管理，防范查处非法入出境活动，侦办妨害国（边）境管理犯罪案件，协助查处边境地区其他刑事犯罪活动。
