1967年1月，时任总后勤部部长的邱会作受到了批斗，那些愣头青们下手没有轻重，邱会作被打得遍体鳞伤，多亏四野的老首长派人出面保护了他，此后他对老首长言听计从，结果导致了自己晚年的悲剧。
1971年9月，自从邱会作得知四野的老首长葬身异国之后，他整个人都变得精神恍惚了，吃不好也睡不好。妻子胡敏多次询问邱会作原因，他都闭口不谈，只是摇头叹气，整个人的精神像是垮塌了一样。
9月24日上午，邱会作接到通知去大会堂开会，他这一去就再也没有回来。原来是邱会作到了大会堂之后，他就被宣布离开岗位接受审查，一同被审查的还有黄永胜、李作鹏和吴法宪。
1973年8月，邱会作被开除党籍，撤销党内外一切职务。当时邱会作等人在狱中的待遇是不错的，伙食方面有优待，根据最高指示，鉴于他们几个人有过战功，可以吃好一点，他们的伙食比在自己家里还好。
1980年，最高法院特别法庭对“两案”进行了公审，邱会作被送上了审判席。邱会作对自己的罪行表示认罪，他的认罪态度是比较好的，在法庭上，邱会作向遭受迫害致死的总后勤部副部长汤平的妻子刘伯音下跪认错。
据当时在现场的人回忆，以及汤平的遗孀刘伯音回忆讲述，邱会作的认罪态度让大家感受到了他是真心知错了。邱会作不仅在法庭上下跪认错，他还放弃进行辩护，表示承认自己的罪行，无论如何判都会服从。
1981年1月25日，这一天是法庭宣判的日子，邱会作被判处有期徒刑16年。同年8月，考虑到邱会作等人年纪大了，加上曾经做出过贡献，邱会作被批准保外就医，邱会作和妻子胡敏被安排到了西安生活。
许多人可能不知道，在解放战争时期，邱会作参加过辽沈、平津、衡宝等著名战役。1955年，邱会作被授予中将衔，他从1959年开始出任总后勤部部长，一干就是12年，是任职时间最长的总后勤部长。
邱会作被安置到西安生活，组织上为他安排了住房，每个月发给100元的生活费，起初由于房子没有暖气和热水，他吵闹着要回狱中，足见他在狱中的待遇是不错的。几年后，组织上为他重新安排了住房。
1992年，邱会作夫妇被安排到了干休所生活，住房有170平米，不过屋内没有家具，他们夫妻两人资金有限，家具只能是一件件的添置。后来为了缓解生活压力，当过军医的胡敏开办了一家私人诊所，去她诊所看病的人很多。
邱会作晚年非常注重锻炼身体，他的身体状况一直不错，年过八旬仍是身姿挺拔，没有一点勾肩驼背。2001年年底，病重的邱会作被接到北京治疗，2002年7月18日，邱会作在医院病逝，享年88岁。
邱会作的子女以家庭的名义办理丧事，以简单低调为原则，不过让人意外的是，竟然有上千人自发前来祭奠邱会作。在前来祭奠的人之中，有不少老战友的子女，对邱会作而言，这何尝不是一种哀荣。
