东汉末年，曹操挟天子令诸侯，强势崛起。《三国志·武帝纪》、《后汉书·应劭传》、《后汉书·宦者列传》、《世语》记载，陶谦不服，密派数千骑兵截杀曹嵩父子。曹操为了报仇，屡次进攻徐州，并屠城。后徐州被吕布占领。
建安三年（198）冬，曹操围困吕布与下邳三个月。曹操攻不下城，城内的吕布也冲不出来，双方就这样僵持了下来，都在苦苦煎熬。
时公连战，士卒罢，欲还，用荀攸、郭嘉计，将堑沟拓至下邳城脚下筑堤坝阻断流经下邳城的泗水、沂水，然后决水引入堑沟工事，进行灌城。实际上是从城外浸泡城墙根。秦汉时期的城墙，基本都是土夯的，水长时间浸泡之后，就会将夯土融为泥水而塌陷。城外引来的水浑浊，且水位比较城内的河流、井水高。城池基本都有进出城的河流，首先浑水会通过这些河沟，涌入城中。再就是地下水是相通的，因城外水位较高，在大气压力的作用下，污水就会从城内的水井溢出。这就会造成城中的饮水受到污染，及城内产生积水的问题。积水不需要多深，只要十几厘米就能达到灌城效果。
当时正值寒冬十一二月，城中士兵需要涉水到各门相互增援。又湿又冻，时间一久，将士身上的铁甲生锈、革甲发霉，弓箭兵器都被泡坏了。并且经历了长时间、高强度的战斗，城内伤亡很大。而受伤的士兵，在终日潮湿的环境里，伤口更容易感染，造成更多的战斗减员。被浸泡了一个多月的下邳城，无疑成了座人间炼狱。“月余（灌城一个多月后），（吕）布将宋宪、魏续等执陈宫，举城降，生禽（吕）布、（陈）宫，皆杀之”。见《三国志·武帝纪》
这座宋襄公公元前641年建立的，经历八百四十多年的下邳第一个古城（上图东汉下邳古城）遭到严重破坏，逐步消失。
邳州、睢宁各史志称的金代在巨山东六里“另筑”下邳古城其实就是这个古城。
