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1894年9月21日，以陆军第一师团、第二师团和第十二混成旅团组成了第二军，由陆军大臣大山岩亲任司令官。
大本营作出了从右左两翼入侵我国东北的战略部署：
第一军为右翼，从朝鲜义州渡鸭绿江入侵辽东地区；第二军为左翼，选择辽东半岛某地登陆，攻打金州、旅大，侵占辽南地区；然后把东北南部地区作为据点，与清军在直隶平原进行主力决战。
1、旅顺大屠杀
10月18日，日本第七届议会在大本营所在地广岛开幕，会议一致通过政府提出的1.5亿日元临时军费以及募集1亿日元的军事公债案，表现出强烈的战争狂热。日本政府以对外战争转移内部矛盾的目的达到了。
10月24日，日军两翼同时出动：第一军从九连城上游强渡鸭绿江，以3万之众突破号称有4万清军驻守的防线，两天内连克九连城、安东（今丹东）等地，仅以100多人的伤亡轻易地敲开了辽东大门；接着分头窜扰，一路于30日占领凤凰城，11月12日攻下摩天岭。
另一路于11月18日占领岫岩，第一军的基本任务是牵制清军，为第二军的作战创造有利条件，第二军从大同江口乘舰直往辽东半岛花园口，大约2.5万多官兵、2000多马匹和大批辎重，在延续14天中从容登岸，未遇清军任何阻击；随之即以旅顺、大连为目标发起进攻，11月6日先攻陷金州（今金县），切断了旅大后路，旋即挥戈南下，大连守将赵怀业于前一日弃阵逃跑，日军兵不血刃于7日夺取了拥有百门大炮和无数弹药的大连战略要地。
11月17日起，日军开始向旅顺发动攻击，21日集中步兵、骑兵、炮兵万余人、大炮七八十门猛攻旅顺各炮台和城区，经过一天的战斗，这座耗资数千万、经营10多年的北洋第一要塞落入敌军手中，要塞配有新式克虏伯重炮及各式大炮140余门，还有水师营、鱼雷营、船坞等军事设施和大批弹药，全都成为侵略者的战利品。
日军侵占旅顺后，进行了灭绝人性的大屠杀，在攻城前夕，第一师团长山地元治曾下令：
“如果见到敌兵一个也别剩下"；破城以后，日军如同野兽，不分军人平民、男女老幼，见人就不，且外相陆奥对此也供认不讳，他对人说：“把俘虏绑上屠杀，杀害平民，甚至妇女也不例外，这些似乎都是事实”。
据外国目击者记载，许多尸体双手反缚，伤痕累累，其状至惨。
有的记载日军以杀人取乐：
大批中国难民被侵略军推入水塘，遭到枪杀、刀刺，“水上漂满尸体，池水被鲜血染红。士兵们大叫大笑，仿佛要以复仇的狂欢吞没受难者的痛苦声音”，在这场浩劫中，中国百姓遇难人数多达6万，旅顺城只有36人活了下来。
日本侵略者的暴行，遭到世界舆论的谴责，美国一个刊物就此评论说，日本是“被着文明的皮而带有野蛮筋骨的怪兽。日本今已摘下文明的假面具，暴露了野蛮的其面目”。
2、从东北到威海作战
日本占领旅顺后，其统治集团在下一步对华作战方针上进现严重分歧。以山县有朋为首、以军人为主的一派坚持大本营原定的第二阶段作战计划，主张立即向山海关发起进攻，为在直隶平原与清军作主力决战创造条件。这个想法，他在侵入辽东后示久即已提出，他在11月3日的《征清三策》中要求大本营就第一军下一步的行动方向作出决择：
一、从第二军的登陆地点乘船到山海关附近登陆，作为向真正的目标进攻的根据地；二、向旅顺进军与第二军汇合，将兵站基地移至不冻海岸；三、北上直接攻取奉天，大本营以旅顺尚未攻取、冬季即将来临运输有困难为理由，对这三策全部否定，令第一军就地待命。
山县表示不满。及第二军攻占旅顺，他急于把第一策付之实施，于12月1日擅自命令桂太郎率领的第三师团向海城进攻，预定下一个目标就是山海关。
以伊藤为首的一派反对山县的独断专行，担心直隶作战会引起国际上的反对。在12月4月的大本营会议上，伊藤提出“进攻威海，略取台湾”的长篇意见书，他认为攻陷北京从政治策略上说对日本不利：
一是中国会陷于“暴民四起”的无政府状态，使日本失去和谈对手；二是必然招致各国干涉。
他主张在辽东的日军坚持冬季宿营，而把一部分陆军和整个舰队投入威海作战，歼灭北洋舰队余舰，进而略取台湾，扩大战果，造成有利的和谈条件。6日，联合舰队司令伊东祐亨也向大本营提出报告，认为辽东半岛已是冰封雪冻，作战不易，不如进军山东半岛，海陆夹击，歼灭北洋水师。
8日山县被召回国“养病”，旋被免去枢密院议长及第一军司令官的职务，授任为监军，仍参预大本营会议。14日，大本营决定暂缓直隶作战，而先进行威海作战。这样，日本最高指挥部的战略分歧以伊藤一派的主张占上风而基本解决。
根据伊藤和伊东等人的作战面针，日本大本营以第二军第二师团和由国内抽调的第六师团一部分，组成25000人的“山东作战军”。
1895年1月20日，日本联合舰队出动军舰25艘、水雷艇16只，分载该军2万人在威海东南的成山头登陆。由于李鸿章的“避战保船”方针，停泊威海的北洋舰队并没有出动阻拦，致使敌军轻易地在山东半岛上建立了据点。25日在大山岩的指挥下，日军分两路向威海进犯，30日至2月2日先后攻陷拱卫威海的南北帮炮台、并对威海进行了严密封锁。困守港内的北洋舰队余舰在提督丁汝昌、总兵刘步蟾率领下，依托刘公岛、日岛炮台顽强奋战。从5日起，日军出动水雷艇潜入港内，炸伤炸沉“定远”、“来远”等舰艇多只。
8日日舰从东口突入港内，对刘公岛和北洋残舰发起最后攻击，形势益加危急，当晚，刘步蟾自杀殉国。10日几个怯懦的清军将领勾结洋员企图逼丁汝昌投降保命，丁汝昌不为所动，下令沉舰毁台，同归于尽，竟遭到部下的拒绝；11日晚丁汝昌服毒殉国。12日美国雇员浩威(Howie)盗用丁汝昌名义起草降书，派人向日军司令伊东祐享乞降。17日日军正式占领威海，俘获剩舰“镇远”、“平远”、“济远”等11艘及炮台军械弹药；李鸿章惨淡经营的北洋海军至此全军覆没。
3、“辽河平原扫荡作战”
在辽东战场，由第一军第三师团长桂太郎率领的6000日军，于12月13日攻占海城，为北上奉天或西出锦州夺取一个前沿阵地；但这支军队完全是孤军冒进，很快被数倍的清军从东、西、北三面团团围住，进退维谷。19日缸瓦寨（今感王寨）一战，日军死伤400人，冻伤达1000多人，遭到自开战以来最严重的损失。因守孤城的桂太郎不得不呼请第五师团和第二军派兵援助。
1895年1月由第二军第一旅团长乃木希典率领的5000多日军攻占盖平，牵制了中国军队，海城日军所受压力才有所减轻。从1月17日起至2月27日，清军聚集2至6万大军，连续多次向海城发动反攻，都没有取得成功。28日由于日军发动辽河平原作战，辽阳告急，清军开始撤退，海城之围才告解除。
“辽河平原扫荡作战”方案是新任第一军司令官野津道贯于2月16日向大本营提出的，要点是：第一军第五师团从风凰城、九连城一带西进，以主力“扫荡”辽阳东南一带，然后进占鞍山，与由海城北上的第三师团主力会合，进攻牛庄；与此同时，驻扎复州、盖平的第二军第一师团向营口进犯，预期于3月上旬完成对牛庄、营口的占领。
此方案经大本营批准，从2月28日起各路大军约2万人陆续出动，3月2日首先夺取鞍山。当时清军正云集海城周围，一听后路吃紧，纷纷撤兵回防，阵脚大乱，从5日至9日几天之内，牛庄、营日、田庄台相继失陷。从此日军占领辽东半岛全境，清军全线崩溃，实际上关外已无兵可战了。
日军南据威海，北占辽东，完全控制了渤海口，造成了威胁天津、北京的形势。根据伊藤博文的对华作战方针，日本并没有直接向直隶进军；辽河平原作战一结束，大本营马上开始略取台湾的步骤。它抽调国内守备东京湾及下关海峡的后备队组成南方部队，由联合舰队护卫于3月15日离佐世保向澎湖列岛进发，同时，由大本营的大部分成员组成、以新任参谋总长彰仁亲王为总督、参谋次长川上操六为参谋长的“征清大总督府”于16日受命进驻旅顺，策划直隶作战之计。
这表明日本仍在进行扩大战争的部署。但正是这时，议和的条件已趋于成熟，中日和谈正在提上日程。
4、和谈的背景
首先，清政府再也打不下去了。
这场战争从一开始，清统治者中就出现了以慈禧太后那拉氏为首的主和论和以光绪皇帝为中心的主战论的分歧；实际主持对日军政大计的李鸿章只图保存实力，不想坚决进行战争；随着战场上的失败越来越多，清朝当权者的求和倾向也越来越重。日军侵入东三省后不久，清政府就开始向欧美各国请求在中日之间进行调停；1894年11月中旬，李鸿章迳派天津海关税务司德国人德璀琳携带他致伊藤的信去日本试探和议，无果而返。
12月，经美国驻华公使及驻日公使的沟通，清政府派户部侍郎、总理衙门大臣张荫桓、署理湖南巡抚邵友濂赴日乞和，并聘请美国卸任国务卿科士达为顾问，1895年2月1日，张、邵在日本广岛开始与伊藤、陆奥会谈。当时日本正在攻打威海卫，无意谋和，伊藤等议意挑剔张、邵全权不足，停止谈判；另指名要恭亲王奕䜣或李鸿章前来，才可接待。不久，清政府果然任命李为头等全权大臣，日本攻占牛庄、田庄台一带时，李鸿章正在积极准备赴日；在清统洽者看来，这时除向日本屈辱求和外，已别无他路了。
其次，在日本方面，军事上的节节胜利固然加强了它的地位，但同时也引出使它烦恼的种种问题。
问题之一是其他列强的动向，这次战争是在欧美列强已在中国取得许多特权并且还想夺取更多的新特权的历史前提下发生的，对日本来说，如何妥善处理自己侵略中国和其他列强侵略中国的关系，从一开始就是一个事关重大的课题；处理得好，其他列强可能成为它的助力；处理不好，就可能成为阻力；关键在于日本的扩张对其他列强是有利还是不利，日本虽然小心翼翼，尽力做出不触犯其他列强的利益的姿态，但终究不能不把它们直接或间接地牵连进去。
随着战区的扩大和日本侵略胃口的膨胀，一些欧洲国家的政府和舆论界逐渐产生了疑虑：它们担心日本的军事行动将对清朝的统治造成威胁，甚至会导致清朝统治的瓦解；担心它们在中国大陆上的利益或潜在利益（如俄国在东三省）将受到危害；于是发生了限制日本在华扩大利权的呼声，出现了对中日战争进行干涉的迹象。
这种动向引起日本政府日益加重的不安。再加上向中国大陆及澎湖地区大量调兵造成了日本国内防务的空虚，日本要全面控制朝鲜也遇到了重重困难，这一切使日本当政者感到，在有利形势下适时举行和议是可取的。早在1894年10月初，日本政府就开始制定议和条件；后来不断修订、补充，到清政府照日本的意愿任命李鸿章为议和代表时，日本已成竹在胸，正准备通过谈判来巩固和发展它在战场上的胜利。
5、马关和谈
1895年3月14日，李鸿章偕带儿子李经方、美籍顾问科士达以及大批随员、跟班离开天津，19日到达日本马关（下关），20日开始和日本全权代表伊藤博文、陆奥宗光在马关春帆楼会谈。
李鸿章要求在议和前先行休战；日本不愿意休战，就提出异常严峻的先决条件，其内容是：
由日军占领大沽、天津、山海关，上列各地清军全部缴械，天津至山海关铁路交由日本军务官管理，停火期间日本一切军事费用由中国负担，这些条件等于要敞开通往北京的大路，把中国首都置于日军的监视之下。李鸿章请示清政府后，在24日的会议上表示拒绝，并撤回了停战要求。会后他在返回寓所途中遭到日本浪人刺伤。这件事弄得日本政府狼狈不堪。
日本担心由此引起国际舆论的谴责和第三国乘机干涉，决定作出“宽大”的姿态，以求摆脱被动局面，于28日宣布“承诺一时休战”。
这样做，受到一些军人如“征清大总督府”参谋长川上操六和军令部长桦山资纪等的强烈反对，伊藤不得不亲自赶到广岛与刚刚兼任陆军大臣的山县有朋商量，并告诉他说：俄国已有3万军队进入中国北部，终于获得山县的同意，克服了军人们的反对。
30日双方签订停战专条，自当日起至4月20日实行为期21天的停战，其范围只限于奉天、直隶、山东各地；也就是说，台澎地区不包括在内。原来3月23日日军已向澎湖发起进攻，26日占领该地，从而造成了威胁台湾的形势；停战范围把这个地区除外，就保持了日本对这里的军事压力。
4月1日，日本代表提出具体媾和条款，内容有：
清政府承认朝鲜独立；割让奉天南部、台湾、澎湖列岛；赔偿军费银3万万两；缔结新的通商行船条约，以中国与西方列强的条约为基础，给予日本以最惠国待遇和新的权益；此外还要求开放北京、沙市、湘潭、重庆、梧州、苏州、杭州7处为通商口岸，扩大内河航路和准许日本在中国通商口岸从事工艺制造；为保证条约切实执行，日本得占领奉天（今沈阳）、威海卫，中国负担占领期间的军费，等等。
李鸿章与李经方(4月6日起任全权代表)苦苦哀求降低赔款数额和割地范围。伊藤威胁说：如果谈判破裂，日本一声令下，派六七十腹船运载大军开赴战地，北京必不可保，中国代表能否安然出入北京也难保证；他并指责中国代表拖延谈判，要对谈判破裂负责。
10日，日方提出最后修正案，伊藤只允许中方作出接受还是拒绝的明确答复，条款本身“无可再行商议”。这个修正案把原奉天南部割地改为自营口经海城至凤凰城以南地区，赔款减为2万万两，商埠域为重庆等4处，其他条款一律不变。
为了向清政府施加压力，“征清大总督府”指挥下的增援部队于13日分乘大批兵船从宇品港出发，驶向旅顺。李鸿章急电北京，催促朝廷接受条款，以保京师无虞。在日本的威逼下，清政府只能同意按日方最后修正案签字画押。
4月17日《马关条约》正式签订，其主要内容是：
一、中国承认朝鲜为“完全无缺之独立自主”，“该国向中国所修贡献典礼等，嗣后全行废绝”；
二、中国割让辽东半岛、台湾全岛及所有附属岛屿、澎湖列岛给日本；
三、赔偿日本军费库平银2万万两；
四、开放沙市、重庆、苏州、杭州为商埠，日船可沿内河驶入上述各口搭客装货，日本政府得在这些通商口岸设立领事馆；
五、日本臣民可在中国通商口岸“任便从事各项工艺制造，又得将各项机器任便装运进口，只交所订进口税”；至于其在中国制造的一切货物，不但不交进口税，而且“于内地运送税、内地税、钞课杂派，以及在中国内地沾及寄存栈房之益”，都照输入中国之货物一体办理，享受同样优待；
六、此条约经双方批准后，应于5月8日在烟台互换；换约后日军从中国境内撤出；但为保证本条约各款的“认真实行”，中国应“听允日本军队暂行占守山东省威海卫”，直至中国交清赔款、双方订立通商行船条约并经批准互换为止；中国应付给日本驻军费用，每年库平银50万两，此外，条约还规定，中国2万万两赔款应于本约批准互换后7年内分8次交清；在第一次付款后，其未付之款应按年加抽百分之五的利息；但如3年内能全数清还，可免除利息。
《马关条约》是1860年中英、中法《北京条约》以来外国侵略者加在中国身上的一个最刻毒的不平等条约，它不但表现了日本对中国的凶残，也表现了日本对朝鲜的野心，因为日本由此斩断中国和朝鲜之间历史悠久的传统关系，其目的全在于为自己侵略朝鲜清除障碍。
它使日本不但马上可以得到巨大的实际利益（巨额赔款，等等)，也可以为其继续向中国扩展奠定牢固的基础——占有辽东半岛为向中国北方扩展打下根基，并有利于日本巩固其在朝鲜的地位，而占有台澎则是取得了向中国南方及南洋扩展的基地。
它既使日本获得多方面的利益，也使其他侵华列强、特别是英国，得到许多好处，因为由开辟新的通商口岸等所带来的利权，也是其他国家根据片面最惠国待遇的原则可以享受的；特别是在华设厂权一条，更是英国等迫切要求而未得到的，由此也可“一体均沾”了，这完全适应了它们要向中国输出资本的愿望，从而使《马关条约》带上了帝国主义侵略的性质。
5月8日《马关条约》由中国的伍廷芳和日本的伊东已代治在烟台交换批准，开始生效，甲午战争正式结束。但在此以前，已出现严重的国际纠葛；在此以后，又发生台湾人民的猛烈反抗；因而这次战争和这个条约的冲击波又延续了一段时间才渐渐稳定下来。
（正文完）
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