1979年对越自卫还击战，55军在东线负责对越作战任务，163师作为55军的主力师，自然承担起了其中最为核心关键的作战使命，边贵祥身为师长，在28天的作战中，率领163师击毙越军5293人，击伤530人，以一个师的兵力歼敌数量超过有些军级单位。
边贵祥率领的163师在战场上勇猛无畏，战术运用得当，歼敌数量众多，而自身的伤亡却控制在较小的范围之内，在关键的谅山战役中，163师更是担当起进攻主力的重任。他们锐不可当，一路势如破竹，直逼谅山。在战斗的关键时刻，163师还强渡穷奇河，对越军展开勇猛追击，这种大胆而果决的行动极大地打击了越军的士气和防线。
然而，这一行动却引起了上级的注意，东线总指挥许世友亲自打电话对边贵祥进行了批评，认为此次追击过于冒险，可能会使部队陷入不必要的危险境地。但边贵祥师长有着自己的判断，他深知此时追击虽然危险，但也可能给予越军致命一击。
战争后期，在撤军之际，许世友将军下达了一道命令，要求边贵祥放掉 1000 多越南战俘。这一命令在边贵祥师长这里却遭到了坚决的抵制。边贵祥深知这些越军俘虏的凶狠本性，他们在战场上的种种行为仍历历在目。在进攻同登和谅山的过程中，越军多次使用毒辣手段，如在树林里设置涂有毒药的机关，导致163师60多名战士牺牲。此外，越军还乔装成百姓对163师进行偷袭，使部队遭受重大损失，这让边贵祥对越军愤恨不已，认为他们毫无信用和底线，释放俘虏可能会带来更多的危险。
边贵祥曾经以中国军事顾问的身份到越南参加抗美援越，参与和策划过越军的一些重要军事行动，熟悉了越军的战略战术、兵力配置和火力配系，以及边境地区亚热带山岳丛林的地形、气候等特征。
深知这些越军俘虏大多是经过正规训练、有较高军事素养的职业军人，一旦释放，他们很可能会再次拿起武器进攻解放军，给部队造成更大的伤亡和损失，这时候释放俘虏无异于放虎归山。是对战士生命安全的极不负责任的行为。
在进攻同登地区的鬼屯炮台、339高地、探某阵地等重要火力点时，有许多解放军战士英勇牺牲。边贵祥觉得如果轻易将俘虏释放，对不起那些用生命换来战斗成果的牺牲战士，无法向他们交代。
为此他坚决抗命不从，声称即便因此而遭受罢官坐牢后果，他也绝不放虎归山。在国家利益和战士生命安全面前，边贵祥展现一位军人的倔强。
尽管许世友将军亲自打电话劝说，边贵祥仍坚守立场，表示宁愿被罢官坐牢，也不会放了越军俘虏。最终，在邓公的亲自出面协调下，这些越军俘虏才得以顺利释放。虽然边贵祥因拒不释放俘虏受到了战场抗命的处分，但他的做法赢得了全军上下的敬佩。
边贵祥于1989年以副军职离休，在经历了无数次的战争后，他的身体承受了太多创伤，体内还存留着弹片，无法做核磁共振，致使癌症晚期才被发现。2008年9月1日，边贵祥在广州逝世，享年81岁。
