明朝初期，朱元璋发动北伐，成功从蒙古夺取了漠南大片土地，包括鄂尔多斯高原的弱水河流域、鄂尔多斯高原、河套平原、西辽河流域以及呼伦贝尔高原，基本和现代的内蒙古范围相当。这些土地处于季风区和非季风区的过渡地带，可以游牧，也可以农耕。历史上，汉唐都是通过占据漠南而防御或者主动出击漠北的游牧民族，
漠南之地的核心是鄂尔多斯高原和河套平原，两地加起来就是广义的河套地区。河套平原是塞北难得的平原，有黄河穿流而过，水资源较为丰富，土壤肥沃，绿草茵茵。游牧民族占据这里，牲畜就能够迅速繁荣，部落也可以实现快速壮大。要是中原王朝攻占此地，就可以屯田、驻兵、并凭借阴山、戈壁滩这两道天然屏障来抵御漠北的游牧民族。
因此，河套平原自古以来就是一个跳板，是游牧民族侵入黄土高原和关中的一个跳板，也是中原王朝经营大漠的前沿阵地。战国时期，赵国曾征服此地的娄烦、林胡，设置云中郡，以作为南下攻秦的后方。秦朝统一后，北伐匈奴，夺取河南地（鄂尔多斯高原）和河套平原西部，设置九原郡。汉朝，曾在此大规模屯田，修建内外长城，以抵御匈奴南下。北魏时期，设六镇以抵御柔然；唐朝时期，同样在这里驻兵屯田，抵御突厥和回鹘。
朱元璋在夺取河套平原和鄂尔多斯高原后，就在河套平原到山西、河北以北的塞外设置了一系列的卫所，驻扎了边防军队。主要的卫所有东胜卫、东胜左卫、东胜右卫、安东中屯卫、云川卫、镇虏卫、定边卫、镇朔卫、高山卫、宣府卫等。为了统一管辖这些卫所，朱元璋又从山西都司中分出了山西行都司，驻扎大同。
而西辽河、呼伦贝尔高原一带，位于大兴安岭的西侧，是东胡系民族兴起的摇篮，历史上的鲜卑、乌桓、契丹、室韦、蒙古等都在此崛起。明朝初期，朱元璋派遣蓝玉北伐，到达了呼伦贝尔一带，基本击溃了北元的势力，史称“捕鱼儿之战”。此战后，呼伦贝尔一带游牧的兀良哈蒙古归顺于明朝，朱元璋册封为朵颜、泰宁、福余三个卫，史称“朵颜三卫”。
捕鱼儿之战地图
为了进隔开蒙古和女真，明朝又在西辽河流域设置了诸多的卫所，全部隶属于大宁都司管辖。为了实现藩王守边，朱元璋还将宁王派遣到了大宁都司，和朱棣一起抵御蒙古。
明朝在漠南屯田，实行“兵农合一”的制度，一定程度上也减少了国家的财政负担。当时山西塞外的卫所“屯田二千六百四十九顷，岁收粟豆九万九千二百四十余石”，平均亩产0.37石（约60市斤）。
不过，到了永乐年间，就大肆将塞外的都司、卫所废除或者内迁，将军队迁徙到内地。例如大宁都司在靖难之役期间被废除，1403年恢复，但是重设点在保定。河套的东胜卫，在1402年内迁到河北卢龙县；1403年，开平卫从塞外迁徙到北京。1406年，“复设开平卫”还于旧治，这是为了服务朱棣的北伐。1430年，开平卫最终内迁。
内迁后的卫所
有人认为，朱棣南迁卫所的主要原因是明朝气候变冷，塞北难以耕种，防御困难，因而朱棣选择收缩防线。但仔细研究，这个说法靠不住。从朱元璋到朱棣时期，不过几十年，气候不可能出现大幅度的变化。
后来蒙古占据了河套，俺答汗招汉人开发耕地，“所种皆谷黍蜀秫糜子”。1554年，有一个叫做丘富的汉人曾逃到河套“招集亡命，居丰州，筑城自卫，构宫殿，垦水田，号曰板升”；万历年间，又有汉人迁入河套，开田万顷，“连村数百”。可见，明朝的河套完全是可以进行屯田的。
朱棣放弃塞北卫所的主要原因，应该和靖难之役有关。1399年，建文帝即位，开始了削藩。朱棣为了夺取帝位，发动了“靖难之役”。但发动了大规模的战争，那是需要军队的。为此，朱棣胁宁王起兵，获得了大宁都司的8万精兵，而当时受大宁都司节制的朵颜三卫也加入了朱棣的阵营。此后，朱棣就派遣带领大宁都司、宁王和朵颜三卫的军队不断对建文帝发动进攻，最终夺取了帝位。
1402年，朱棣即位，史称明成祖。在“靖难之役”期间，长城塞外的卫所军队大部分被朱棣调走，塞北空虚。朱棣即位后，又继续削藩。朱元璋分封的藩王中，以韩王、沈王、辽王、宁王、齐王、燕王、谷王、代王、晋王、安王、秦王、庆王、肃王的军队最多，因为他们需要抵御北方的蒙古，因而也被称为“塞王”。
而朱棣削藩，就要将夺取其兵权。没有了兵权，这些塞王就失去了分封的意义。于是，朱棣直接下令将这些塞王内迁，例如辽东的沈王在1409年迁徙到山西潞州，辽王内迁到湖北，宁王迁徙到南昌。尤其是宁王内迁影响很大，导致西辽河一带空虚，防御困难。
第二个重要的原因，应该是明朝军屯制度的破坏。明朝前期的军事制度主要是军屯制度，《明史・兵志》说:“东自辽左，北抵宣大，西至甘肃，南尽滇蜀，极于交趾，中原则大河南北，在在兴屯”。军屯制度，就是“兵农合一”，军户既要耕地，也要作战，并且不能转行为其他行业。这种制度可以减少明朝的军费开支，但对军户的剥削是非常惨重的。天下稳定后，农民不愿意为军户，纷纷逃亡，于是军屯制度开始崩溃。而塞外环境恶劣，粮食难以自足，也就首先开始崩溃。
另外，补给的困难也是重要的原因。明朝的卫所是建立在屯田基础之上的，如果屯田的粮食不能自足，那就需要附近的州县提供粮草。例如，河套平原在洪武年间归属山西行都司管辖，但河套平原的粮食显然无法自足，需要朝廷提供补给。按照明朝的卫所制度，明朝的山西省就要给山西都司、山西行都司提供粮草。但是从山西到达塞外，只能走陆运，运输成本很高。从节省成本的角度来看，在塞外驻扎军队显然是不经济的行为。为此，朱棣只好将塞外的卫所内迁。
明朝藩王分布和内迁示意图
那么后来的清朝为何没有这个补给困难的问题呢？主要原因就是清朝是少数民族建立的王朝，清朝在塞外驻扎的军队主要是满洲、蒙古军队，很少有汉八旗和绿营。汉人军队对对粮食的消耗很大，但是满洲和蒙古人习惯吃牛羊，对粮食的需求就要少一些。因此满洲、蒙古军队驻扎在塞外，基本可以实现自足，补给成本自然就低。
朱棣内迁的卫所，对明朝造成了不可逆转的影响。最重要的影响就是导致明朝的边界线收缩了几百公里。此后，明朝的边界线基本就在长城一线，出现了所谓的“天子守边”的现象。朱棣之后，明朝不断修建长城，形成了东到鸭绿江，西到嘉峪关的万里长城。明朝的军队在长城以内驻扎，形成了“九边”。
由于明朝放弃大片的国土，导致塞北空虚，于是北方的蒙古各部纷纷游牧到河套、鄂尔多斯高原、西辽河等地。就在永乐初年，兀良哈蒙古就南迁到了西辽河流域，并威胁见到了北京。兀良哈原本是朱棣的盟友，朱棣曾答应成功后将大宁一带赠送给兀良哈作为牧场。在靖难之役中，大宁都司南迁，兀良哈部就占据了此地。而朱棣即位后，兀良哈部和朱棣闹翻，直接归附了鞑靼部。
河套地区，由于明朝军队撤走，蒙古人就逐渐占据了此地。1430年，瓦剌的脱欢击败了鞑靼的首领阿鲁台，统一了蒙古高原。阿鲁台在漠北无法立足，于是南迁到了漠南，游牧于辽东至大同边外，史称“阿鲁台败北，部曲离散，多于近边假息”。这时候，兀良哈蒙古也归顺了瓦剌。后来，也先就让兀良哈蒙古进入河套平原，驻扎在阴山之下。于是，兀良哈开始了西迁的进程，明朝史料称之为“北虏入套”，可笑的是谭其骧的明朝全图还将河套画在明朝版图之内。
这些蒙古人进入河套，还屡次侵犯明朝长城一线的宁夏、延绥、永昌、庄浪、古浪、镇番等变镇。
河套在陕西黄河之南，自宁夏至山西偏头关凡二千里，古有城池屯堡兵民耕牧其中，后以阔远难守内徙而弃之，自是草木深茂，人迹罕至。天顺间虏酋阿罗出入居之，时出劫掠。成化初毛里孩、白七加思兰、李罗忽、满都继至，初犹去驻不常。六年以后为久居计，深入诸郡杀掠人畜，动辄数千百万，岁常四三人。——《明宪宗实录》
到了明朝中期，鞑靼再次崛起，其达延汗等进入了漠南，并将河套作为了大本营。而明朝自从永乐年间放弃河套平原之后，就从未想过收复。蒙古得到了漠南，和明朝以长城为界，导致明朝北方的万里边界线完全暴露在蒙古的侵犯之下。蒙古人主要采取游击战术，来去无踪，让明朝的九边重镇难以应对。明英宗时期的土木堡之变就发生在长城附近，而明中期的庚戌之变更是发生在北京城，可见边界线的南迁使得明朝的边防压力倍增。
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