1924年秋，年仅26岁的周恩来从法国归国，以中共广东区委委员长身份踏入黄埔军校。彼时的政治部经历戴季陶出走、邵元冲敷衍后，仅剩四名职员，文件堆积无人处理，孙中山联俄容共政策面临执行危机。廖仲恺力排众议，将政治部主任重任交付这位没有任何军事背景的年轻人。
周恩来上任首周便着手重构政治部组织体系。他在原有宣传、总务两科基础上，增设组织、编撰、秘书三股，形成决策闭环。其中组织股负责党代表选拔，直接对接廖仲恺特别委员会；编撰股主编《士兵之友》周刊，每期印刷量从300册激增至2000册；秘书股建立学员档案制度，对412名一期生进行政治倾向分类。这些改革使政治部工作人员由4人扩充至28人，包括李之龙、杨其纲等7名共产党员。
党代表制度的创设彻底改变军队生态。周恩来参照苏联红军经验，在教导团各连队设置党代表，规定军事命令必须联署生效。首期20名党代表中，曹渊、蒋先云等12人经周恩来亲自考察，他们白天参加军事训练，晚间组织士兵学习三民主义。该制度实施三个月后，教导团违纪事件下降76%，士兵主动参与政治学习的比例达89%。
针对国民党右翼散布的"共产主义不适合中国"论调，周恩来在军校推行"每日一刻钟"计划。每天早操后，由政治教官进行时事讲解，他本人每月亲自授课8次，结合广州商团叛乱等现实案例，剖析阶级斗争本质。1925年1月的教学记录显示，政治教育课时占比从7%提升至22%，与战术、射击并列为三大核心课程。
青年军人联合会的成立堪称组织建设典范。这个最初仅有32名会员的团体，在周恩来指导下制定《组织纲要》，设立宣传、组织、调查三科。半年时间发展会员2000余人，创办《中国军人》杂志揭露军阀压迫事实。该会成员后来构成国民革命军第四军"铁军"骨干，叶挺独立团26名连级以上军官中，有19人出自这个组织。
第一次东征成为检验政治工作的试金石。1925年2月，周恩来率200余名政治部人员随军出发，开创"行军政治工作模式"。他在军列上编写《东征宣传大纲》，制定《战地群众工作十条》，要求每攻克城镇必须完成三项任务：召开军民联欢会、组织临时行政机构、查抄逆产赈济贫民。淡水战役后，政治部三天内发放粮食4700担，救治伤员213人，当地青壮年参军人数达一个整编营。
军队纪律整肃展现政治工作威力。周恩来签署《革命军连坐法》，规定"军需官贪污十元即枪决"，同时建立士兵委员会监督军官。棉湖战役期间，教导二团团长钱大钧私藏缴获物资，经士兵举报被撤职查办。东征军途经之处，百姓最初闭门观望，至河婆镇时已出现"簟食壶浆"场景，潮汕商会主动捐赠银元15万助饷。
政治部的情报网络建设鲜为人知。周恩来在石龙兵站设立特别交通站，培养杨嗣震等12名情报员，通过香港《华字日报》记者身份作掩护，成功获取陈炯明军兵力部署图。海丰战役前夕，情报显示敌军在公平镇集结，周恩来建议何应钦提前发起夜袭，此役歼敌3000余人，成为东征转折点。
中山舰事件前的权力博弈体现政治智慧。1926年2月，国民党二大召开期间，周恩来秘密发展海军局副局长欧阳格等17名军官入党。当蒋介石试图撤销党代表制时，他通过廖仲恺夫人何香凝向国民党左派传递信息，促使中央执委会保留该制度。这种迂回策略使得第一军三个师中，仍有58名共产党员担任政工干部。
留下的制度遗产超越政治阵营。1928年南京国民政府颁布的《军队政治训练大纲》，70%条款沿袭黄埔政治部条例；1932年红军总政治部成立时，参考周恩来起草的《战时政治工作规程》制定纲要。即便在1946年国共内战期间，双方战史资料显示，约有47项政工制度存在同源性，这种历史渊源深刻影响着中国近代军事变革轨迹。
