刘锦棠一炮破三城，在短短12天内，接连攻克达坂城、托克逊和吐鲁番。在清军持续毁灭性的打击下，阿古柏的军队兵败如山倒，士兵大量逃亡，已难以支撑。阿古柏的次子海古拉离开托克逊，逃至喀喇沙尔，而阿古柏则退到了库尔勒。
阿古柏遽然离世
1877年5月25日，一位俄罗斯使者会见了在库尔勒的阿古柏，随后立即返回俄国。5月29日，阿古柏突然在库尔勒去世。当时在海古拉军中的一个奥斯曼军官表示，阿古柏此前并未患有任何疾病，他坐下后就开始鼻孔流血、浑身无力，躺下后便断气。关于其死因，有人怀疑是俄国使者所为，但也有人认为是海古拉派人毒死的。据《清史稿》记载，阿古柏是在忧惧中服毒自杀，清军攻克达坂城后，阿古柏被吓破了胆，而且新疆本地缠回对他怨恨极深，欲群起报复。阿古柏日夜忧愁，向南逃至库尔勒喝毒药自杀。除《清史稿》外，还有一些文稿记载了阿古柏的死亡。《新疆简史》认为阿古柏是在与人打架时负伤不治身亡。《新疆地方史》称他是在绝望中因为中风暴毙。
阿古柏
敌军内斗
阿古柏死后，海古拉当日带着麾下军队从喀喇沙尔赶到库尔勒，6月6日，海古拉运送阿古柏的遗体回喀什噶尔，准备与哥哥伯克胡里争夺王位。临走之时，海古拉任命艾克木汗主持库尔勒防务，但他没想到的是，海古拉离开库尔勒的第二天，艾克木汗就发动兵变，自立为王，留五千多名回族负责库尔勒防务，自己率军追击进攻海古拉，企图彻底消灭阿古柏家族。海古拉麾下随行的军队得知艾克木汗逼近后纷纷倒戈。海古拉成了孤家寡人，欲逃往喀什噶尔投奔阿古柏的长子伯克胡里。但海古拉在到达克孜勒苏河桥上时被哥哥伯克胡里派人杀害。1877年8月13日，伯克胡里率兵击败艾克木汗，占领了阿克苏。艾克木汗最终流亡俄国。
俄国停止卖粮
清军在成功攻下吐鲁番后，俄国停止了向清军售卖粮食，清军继续出兵南下遭遇了巨大困难。俄国人严重低估了刘锦棠的实力，他们原本盘算着清军和阿古柏会两败俱伤，自己好坐收渔翁之利。没想到刘锦棠势如破竹，倘若清军迅速收复新疆，伊犁问题便会即刻摆上台面。当时俄国正在和土耳其打第十次“俄土战争”，他们担心在此情形下谈判伊犁问题，难以获取任何好处。俄国还派遣特使联络白彦虎，期望白彦虎加入俄国阵营，共同对抗大清和英国。
左宗棠陷入粮食危机
正所谓福无双至，祸不单行。就在左宗棠的西征军为粮草发愁之时，一场罕见的特大灾荒在1877年间席卷了清朝大地，尤其是北部地区，导致1000余万人饿死，另有2000余万灾民逃往外地。面对如此困窘的国内局势，以李鸿章为首的洋务派再度上书朝廷，认为西征军耗费巨额款项，如今已收复乌鲁木齐和吐鲁番等地，应当见好就收，停止西征，集中精力解决国内问题。左宗棠据理力争，慈禧最终决定支持左宗棠继续收复新疆，可除了精神上的鼓励，钱、粮、兵等实质性的支持，慈禧都无法提供。
慈禧太后
清军全部的进攻兵力加起来尚不足16000人，而且此次南征途中还需分兵把守已攻占的城池，以保护粮道，清军实际能够投入作战的兵力仅有约1万人左右。而伯克胡里和白彦虎的手下却拥有将近4万人的兵力，并且清军长途跋涉，叛军以逸待劳。左宗棠只能寄希望于刘锦棠还能保持迅猛的作战速度，依靠现有的有限资源完成收复新疆的重任。而且左宗棠和刘锦棠都清楚，如果此次无法收复新疆，今后将再无机会。
刘锦棠被置于两难
阿古柏虽已身亡，但白彦虎和伯克胡里的实力依旧不容小觑。为阻止清军南下，白彦虎决定放弃库尔勒，强迫库尔勒一带的所有居民集体向南撤离，并将沿途的河水和湖泊全部决堤，致使刘锦棠进军的道路化为一片烂泥。倘若刘锦棠执意继续南下，清军的后勤辎重部队将会被困在泥泞湿滑的道路上，只能依靠人力和马力艰难拖拽，如此一来，刘锦棠抵达库尔勒的时间最快也要到9月中旬。按照白彦虎的预计，如此长的时间足以让他将库尔勒到库车沿线的所有居民全部撤走。待到刘锦棠进军之时，只能依靠数百里之外的吐鲁番进行补给。如此漫长的补给线，刘锦棠的行军速度必然快不起来，估计刘锦棠到达库车时已经进入11月中旬，那时大雪随时可能降临，交通将会被阻断。白彦虎不用出动一兵一卒，刘锦棠的进攻便会自行瓦解。
白彦虎
白彦虎的这一招着实厉害，将刘锦棠置于了两难的困境之中。刘锦棠究竟会如何抉择呢？
