1979年10月17日，陈云被确诊结肠癌，24日，医院为他做了手术。
在手术前，姚依林找到陈云，问他有什么话要说，陈云指出：潘汉年案件需要复查。
当时陈云已经74岁，之前已经做过大手术，他对这次手术的结果没有十足的把我，“生命可能没有保证”，他是把为潘汉年平反当成自己的“政治遗嘱”来交待的。
潘汉年在历史上长期作为党在上海、香港的情报负责人进行活动，传递过大量高质量情报。1955年4月，潘汉年主动向党交待了他在抗战时期，在敌占区工作时，曾被人挟持到南京会见了汪精卫的经过。
结果，潘汉年被怀疑为“内奸”遭到逮捕，1963年被判处有期徒刑15年，罪名是“长期暗藏在党和国家机关内部的内奸份子”。几年之后，他又被开除党籍，改判无期徒刑，下放到湖南劳动，于1977年4月病逝。
陈云和潘汉年在历史上长期共同工作，有着很深的私人情谊、同志关系和互相了解。
1931年4月，顾顺章被捕叛变，中央重新组建了中央特别委员会，由周恩来、陈云、康生、潘汉年等担任委员。原先大名鼎鼎的中央特科也进行了重组，陈云为中央特科负责人兼第一科科长，潘汉年为第二科科长，康生为中央特科第二负责人兼第三科科长，第四科改由中央秘书处领导。
潘汉年在此之前，是江苏省委的宣传部长，并无情报工作的经验。他之所以被调到特科，是因为他政治上可靠，又熟悉上海的情况。这样，特科就形成了陈云、康生、潘汉年三人领导的格局。潘汉年也从此踏上了他的情报工作之路。
在之后的日子里，潘汉年做了很多重要的工作，比如作为红军全权代表和陈济棠谈判，为红军长征创造了重要条件；协助实现第二次国共合作；成立华南情报局，领导华南地区对日抗战的情报工作等等。
对于把潘汉年定为“内奸”，很多同志一直表示怀疑，尤其是当年和潘汉年一起工作过的同志，比如李克农等等。陈云当然也是其中的一个。
陈云认为，潘汉年当年如果真的叛变了，上海党的组织情况他统统知道，为什么刘晓那一摊摊人没有被捕，还能保持下来？这显然不符合逻辑。
陈云首先找到解放前长期在上海负责党的秘密工作的刘晓，让他写相关材料，协助中央解决潘汉年的问题。
抗战时期，潘汉年曾在香港负责情报工作，当时廖承志在香港负责统战工作，廖承志也说：“我敢肯定潘汉年不是叛徒。当时他对上海、广东、香港地下党的情况很清楚，而他到上海后，这些地方的地下党没有任何一个机构因为他而遭到破坏。”
潘汉年和国民党、日伪有联系不假，但那是为了工作，而且是经过组织同意的。陈云回忆说：当年潘汉年从苏联回国，组织让他回去后国民党的邓文仪联系，这是王明、康生和我三个人决定的。“他同国民党有关系，不成什么问题”。
陈云之所以要尽快给潘汉年平反，还有一个重要的原因，就是潘汉年案件不仅关系到了潘汉年，还牵连了许多和潘汉年又工作关系的人，让他们也长年蒙受委屈。陈云担任过隐蔽战线工作的领导职务，大家把期望都寄托了到了他的身上。
陈云对自己身上的责任非常清楚，他曾说：“现在好多同志想来看我，但不敢找我，怕我死了……白区工作的同志希望我不要死了，人在还不要紧，不在了就麻烦。”
在陈云同志的推动下，1982年8月23日，中央正式发出了《关于为潘汉年同志平反昭雪恢复名誉的通知》红头文件，《通知》中的这样一段话发人深省：
“审查从事对敌隐蔽斗争的干部，最主要的方法应当是从他们的长期斗争历史、工作实际效果来证明他们是否对党忠实。担负这种工作的同志，他们的社会关系、工作环境、接触人物必然是复杂的，他们需要独立进行秘密活动，使用各种特殊手段。
因此，他们的行动不易弄清，而且常常是找不到第三者的证明。但是，党既然给了他们这种特殊任务，允许他们进行特殊的活动，那末审查时就不能以关系复杂、接近敌人、无人证明等理由作为怀疑的根据，不能脱离他们的特殊任务、特殊工作环境，而采取一般的、简单的审查方法。否则，就容易冤枉好同志。”
