自美菲两国扩大《增强防务合作协议》后，美国在菲律宾的军事存在增强了很多，这一变化预示着两国军事合作出现了转型。
目前，美国在菲律宾的军事基地增加到了9个，这些基地既是美国在太平洋地区的前哨，也是情报收集、敌情监视、物资补给的综合站点。
历史上，美国在菲律宾的军事部署经历了扩张、收缩和转型三个阶段。早在1951年，美菲两国签署了《共同防御条约》（MDT），该条约奠定了双方防务关系的基础，双方都承诺在发生冲突时相互提供援助。
实际上，美国此时在和苏联配合肢解英法殖民地，而菲律宾与美国的殖民地，肯定不能再维系，所以1946年菲律宾正式摆脱美国控制。明面上美国是不能驻军的，而这个条约就给了其一个在菲驻军的法理依据，即便以后菲律宾独立，美国依旧能驻军。
随着时间推移，由于菲律宾国内反美情绪的高涨以及美军基地租约的到期，菲律宾政府在1991年硬气了一把，决定关闭美军的苏比克湾海军基地和克拉克空军基地，这一决定一度让美军在菲律宾陷入低谷。
随着政府换届，1999年美菲签署的《访问部队协议》又为美军在菲律宾的重新部署铺平了道路。该协议允许美军在菲律宾进行访问、训练和演习等活动，为美军在菲律宾的军事存在提供了法律基础。此后，随着两国关系的不断发展，美军在菲律宾的军事存在逐渐得到恢复和增强。
到了2014年，美菲又签署了《增强防务合作协议》，这个协议可以说是美国军事力量重返菲律宾的开端，这一年美国带领菲律宾炒作南海争端。
这个协议，直接让美军掌控了菲律宾的军事大权。根据该协议，菲律宾将自己的军事设施、机场、港口和训练场的使用权通通给美国。
之后，美国还投入了大量资金用于五个指定地点的项目建设，并计划继续投资超过1亿美元用于新旧基地的基础设施建设。这些举动主要是为了提升美军在菲律宾的军事能力，目的是=锁住中国，以及威胁中国对中东、非洲、欧洲的海上贸易通道，即马六甲海峡。
目前，美军在菲基地有很多。其中，2014年确定的五个基地包括巴拉望岛的安东尼奥空军基地、邦板牙的巴萨空军基地、新怡诗夏省的麦格赛赛堡，卡加延德奥罗的伦比亚机场和麦克坦-贝尼托·埃布恩空军基地。
这些基地各具特色，有的拥有长跑道和先进的设施，能够容纳美军最先进的战斗机和运输机，有的则是菲律宾陆军的主要训练场，拥有自己的跑道和停机坪。
而在2023年，美军在菲律宾又新增了四个军事基地，分别是巴拉巴克岛基地、梅尔乔基地、卡加廷的拉洛机场和卡米洛奥西亚斯海军基地。这些新增的基地进一步强化了美军在菲律宾的军事存在，也为其在亚太地区的军事行动提供了更多的选择和灵活性。通过控制巴士海峡、苏禄海等重要水道，美军能够对亚太地区的军事动态进行有效监视和掌控。
此外，基地功能正在转变，美军在菲律宾的军事基地越来越综合，从单一空军基地到海陆空三军综合基地，很显然这是在为战争做准备。未来，美军可能会在这里部署陆基反舰系统，这是美国当下能够遏制中国海军的唯一方式，或许已经部署了，只是没有公开。
美军在菲律宾的种种举动，引发了地区安全和菲律宾国内的诸多问题。
首先，从地区安全角度来看，美军在菲律宾的军事存在加剧了南海地区紧张局势，特别是东盟国家和中国对此十分不满，对于美军在菲律宾的军事基地建设表示关切和担忧。
其次，就菲律宾国内角度来看，美军基地的存在也是乱象丛生、藏污纳垢。这些基地给菲律宾带来了黄赌毒暴力和各种各样的犯罪，这属于西方国家的驻军特色。
部分菲律宾民众认为，美军基地的建设可能使菲律宾未来成为冲突的目标，美国潜在对手的导弹打的不是美国本土而是菲律宾，美国会把战争代价转嫁给菲律宾。当然美国并不在意这些，菲律宾只不过是亚洲版的乌克兰。
从2009年开始，美国一直想着重返亚太的战略目的只有一个，遏制中国，只不过十几年来都被其它地区的各种事件影响。
