抗日战争全面爆发后，国共两党开始合作抗日，陕北一带的红军主力改编为八路军，南方八省的红军游击队改编为新四军。八路军主要由中央红军、红二方面军、红四方面军、红25军和刘志丹等人领导的陕北红军组成，兵强马壮，被改编为三个师，每个师定员15000人。新四军虽然包括了南方八个省份的游击队，但总兵力仅有一万余人。
由于兵力有限，新四军成立的时候没有师级编制，军部下辖四个支队。第一支队司令为陈毅，第二支队司令由张鼎丞担任，第三支队司令则由张云逸兼任，第四支队司令为高敬亭。后来的开国第一大将粟裕当时的职务是第一支队的副司令，比高敬亭还低了半级。新四军下辖的这四个支队当中，第一、第二和第三支队都只辖两个团，只有高敬亭的4支队下辖三个主力团和一个手枪团，总兵力达到了3000多人。
兵力多，武器装备也好，因此四支队是当时新四军的绝对主力。新四军成立后不久就开赴前线抗日，高敬亭率部表现不俗，先后取得了大关、小关、范家岗、椿树岗和棋盘岭等战斗的胜利，沉重打击了日寇的嚣张气焰。在这些战斗中，高敬亭展现出了极高的军事指挥才能，蒋家河口伏击战歼敌数十人，自己无一伤亡；棋盘岭战斗击毙日寇70多人，自身牺牲一人，负伤一人。
在武器装备远不及对手的情况下，能打出如此惊人的战损比，足见高敬亭的军事才能之强。但就是这么一员虎将，却在1939年的6月份被错杀了。毛主席得知消息后极为生气，这是因为高敬亭在红军时期立过大功，是难得的虎将，尽管后来犯了严重的错误，但属于内部矛盾，完全可以教育和挽救。高敬亭是苦出身，十岁的时候母亲就去世了，黄麻起义之后他走上了革命道路。
由于工作能力强，短短数年时间，高敬亭就担任了鄂豫皖省苏维埃政府主席并兼任光山县委书记，期间他亲自领导创建了光山独立团、光山赤卫师和光山游击师三支队伍，为鄂豫皖地方武装的发展壮大作出了极大的贡献。1932年冬季，由于张国焘的错误指挥，红四方面军未能打退敌人的进攻，被迫离开鄂豫皖苏区，前往川陕一带发展。
红军主力走后，“还乡团”等地主武装对留在苏区的红军家属和进步群众进行疯狂的迫害。高敬亭挺身而出，率领为数不多的游击队和敌人进行了坚决的斗争，掩护了大批进步群众安全撤到了皖西。不久后红25军在檀树岗重建，下辖74和75两个师，高敬亭出任75师政委。仅仅两年后，红25军也离开大别山开始长征。当时高敬亭是鄂豫皖省委常委兼皖西北道委书记。
由于军情紧急，红25军这次转移没有通知高敬亭，他就这样留在了大别山。红25军长征后，敌人一面派兵围追堵截，一面继续对大别山进攻。当时高敬亭手中只有三个连的兵力，敌我力量对比十分悬殊。但他临危不惧，采用机动灵活的战术和敌人进行了英勇的斗争，仅用数个月的时间就将部队发展到了1400余人，并以此为基础重建了红28军。
蒋介石本以为徐海东走后，大别山就是自己的囊中之物了，不料高敬亭却重建了红28军并继续在大别山坚持，这让他极为恼怒，于是就派出了刘镇华担任大别山“剿共”总指挥，限其一个月内消灭红28军。一开始刘镇华根本没有把高敬亭放在眼里，因为他手中有数万兵力，是红25军的数十倍之多，因此他以为就是耗也可以把高敬亭耗死。
刘镇华来到大别山后，兵分多路对红28军展开了进攻。高敬亭没有和敌人硬拼，而是采用机动灵活的战术在大山里拖着敌人跑。刘镇华的数万大军在大别山里转了半个月，连红军的影子都没有看到，一个个累得气喘吁吁，苦不堪言，掉队和离队的越来越多。高敬亭见时机已到，果断率部出击，接连在樟树坪、鸡冠山和桃花山设伏，三战消灭了敌军数千人，干脆利落地粉碎了刘镇华的进攻。
蒋介石见刘镇华如此无能，一怒之下将其撤职，随后任命25路军总指挥梁冠英为大别山“剿共”总指挥，继续向红28军进攻。面对梁冠英的十万重兵，高敬亭制定了“三打三不打”原则，即敌情明、地形好、缴获大则打；敌情不明、地形不好、缴获不大则不打；无大伤亡则打，伤亡大则不打。在这个作战方针的指导下，红28军不仅粉碎了梁冠英的“围剿”，自身的兵力也发展到了2000多人。
眼见梁冠英也不顶用，蒋介石又把他撤职，换上了卫立煌来对付高敬亭。卫立煌是国军当中有名的战将，手中用来进攻红28军的兵力更是达到了17万之众。面对来势汹汹的敌人，高敬亭在坚持主力部队打游击的同时，还大力发展地方游击队和便衣队，采用伏击、夜袭和长途奔袭等办法灵活主动地对敌人出击，取得了不俗的战果。卫立煌穷尽了所有手段也拿高敬亭没有办法，最后不得不出十万大洋来悬赏高敬亭的人头。
就在卫立煌无法下台的时候，西安事变发生了，不久后国共开始合作抗日，卫立煌对高敬亭十分敬佩，许以高官厚禄，妄图将他招揽到自己麾下，结果被高敬亭断然拒绝。新四军成立后，高敬亭所部被改编为第四支队，他出任支队司令兼政委，并奉命向皖东前进。高敬亭在大别山坚守了数年之久，对这里有很深的感情，他不愿意完全放弃大别山，因此东进不是很积极。
为了帮助高敬亭，新四军军部先后派了多人前来劝说，但效果都不明显。1939年4月27日，时任新四军军长的叶挺带着政治部副主任邓子恢、军参谋处长赖传珠等人从皖南过江，成立了新四军江北指挥部，统一指挥新四军在江北的部队。十多天后，叶挺等人来到了四支队的驻地舒城，在这里召开了高级干部会议，明确要求四支队向皖东前进，叶挺还说出了限两星期内开拔的话，当时高敬亭表示了同意。
但叶挺等人走后，高敬亭却继续按兵不动，叶挺无奈之下，只得直接给四支队所属的七团和九团下令，高敬亭这才勉强率部进入了青龙场一带。仅仅数天之后，高敬亭的亲信时任七团团长的杨克志和政委曹玉福就带着两个警卫班叛逃了，在当时造成了极为恶劣的影响。这件事之后，高敬亭也受到了严肃的批评。多次抗命拒绝东进就犯下了错误，两个亲信又叛逃，导致高敬亭的处境很是艰难。
对于高敬亭的问题，时任中共中原局代理书记的朱理治曾提出了上中下三策：“推动他到延安学习或择地养病为上策”，“给以副指挥名义，四支队改为纵队，由其他同志带为中策”，“撤销高的职务为下策”。延安方面经过研究后决定让高敬亭来延安学习，同时派徐海东前往四支队主持工作。不料高敬亭很快就被江北指挥部扣押，并在1939年的6月24日上午被叶挺带去的警卫班枪决。
红四方面军主力和红25军先后离开鄂豫皖后，是高敬亭率部坚守，以不足2000人的兵力牵制了国民党20多万大军，力保大别山红旗不倒，立下了大功。在异常艰苦的斗争环境中，高敬亭创造性地提出了许多游击战的作战方针，丰富了红军的游击战术，这也是毛主席对他极为欣赏的地方。虽然新四军成立后他多次抗命不愿意东进，但这毕竟属于内部矛盾，罪不至死。为了挽救这员虎将，毛主席打算让他来延安学习，但可惜的是他最终被错杀，年仅32岁。1977年，高敬亭获得平反并恢复名誉。
