1759年，清军挺进帕米尔高原，在这里打了三场恶仗，展示出了强大的战斗力，创造了战斗神话。
战争胜利后，清军在帕米尔高原立碑纪念，写下了自己的丰功伟绩，清朝版图自此达到巅峰，中亚各国也被极大震慑，纷纷遣使臣服。
一、大小和卓之乱
明朝中期，察合台的后裔在察合台汗国旧地建立了一个国家，叫做叶尔羌汗国，统治着新疆南部地区，信仰伊斯兰教。
明朝末期，叶尔羌汗国国内的伊斯兰教主要分为白山派和黑山派，两派斗争不断，各自拥有一大批贵族支持。
清朝初期，黑山派在斗争中取得胜利，将白山派首领阿帕克和卓赶走，阿帕克和卓不甘心，便来到西藏，寻求达赖和准噶尔的支持。
康熙十九年（1680年），在阿帕克和卓的引领下，准噶尔首领噶尔丹入侵叶尔羌汗国，消灭了这个存在了一百六十多年的国家。
噶尔丹将叶尔羌汗国纳入准噶尔版图后，实施了十几年残暴统治，不但收取沉重的赋税，还强迫维吾尔人劳役，甚至掠夺维吾尔人到伊犁成为准噶尔贵族的奴役，遭到了维吾尔人的强烈反抗。
后来，康熙帝出兵消灭了噶尔丹，但噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦继位后，再次出兵征服南疆，将黑山派和白山派首领囚禁在伊犁，其中就包括阿帕克和卓的两个后裔波罗尼都、霍集占，即大小和卓。
1755年，清军攻占伊犁，大小和卓二月随即投降，当时二人手下的不过几十户人，乾隆帝考虑到二人的影响力，于是让大和卓和侍卫托伦泰带人到南疆招抚维吾尔人，小和卓则留在伊犁领导被准噶尔掠夺的维吾尔人。
大和卓出发的时候，随行的有准噶尔兵1000人和清军400人，靠着这支千余人的军队，大和卓和托伦泰击败黑山派，控住了整个南疆，至此全疆被清查纳入版图，这是清朝历史上第一次，具有重大意义。
清军灭掉准噶尔之后，认为全疆既已平定，于是班师回朝，只留下少量军队驻扎伊犁和乌鲁木齐等地。
但是，清军刚走没多久，之前投降清朝的准噶尔辉特部首领阿睦尔撒纳就发动叛乱，杀掉驻守伊犁的五百余清军，然后自任为准噶尔大汗。
趁着战乱，小和卓带着维吾尔人逃离伊犁，返回了南疆，与大和卓会合，两人商议之后决定，趁着准噶尔翻盘，在南疆也建立割据政权。
于是，在大和卓的拥护下，小和卓自立为巴图尔汗，建立了一个政教合一的政权。
在二人的煽动之下，南疆各地纷纷响应，很快就脱离了清朝的控制，托伦泰率领的清军则全部被扣押。
更让清朝难受的是，喀尔喀蒙古也趁机发起撤驿之变，与准噶尔联合起来反叛清朝。
乾隆帝便派遣大军征讨喀尔喀和准噶尔，对于大小和卓，乾隆帝则派遣副都统阿敏道带着3100名索伦、准噶尔兵前往招抚。
阿敏道抵达库车城后，带着一百多人入城谈判，却被小和卓扣押。
第二年，原本被清军击败并逃往哈萨克的阿睦尔撒纳，再度返回准噶尔并成功发起反叛，清军再次失去对北疆的掌控。
小和卓见清军屡次无法平定准噶尔，便产生了侥幸心理，于是杀掉阿敏道，此举意味着他开始公开反清。
1757年，乾隆帝派遣大军再次平定阿睦尔撒纳，阿睦尔撒纳逃入沙俄后病死，哈萨克也宣布臣服清朝。
为了防止准噶尔再次反叛，乾隆帝在准噶尔进行了大屠杀，准噶尔人几乎被杀光，清朝彻底将北疆纳入版图。
1758年2月，乾隆帝开始着手收复北疆，他以雅尔哈善为靖逆将军，率军八千由吐鲁番西进。
当时，乾隆帝认为大和卓“颇图安静”，似乎并无谋反之心，只是被小和卓裹挟，以至于期望大和卓能抓住小和卓投降清军，这一误判为清军初战失利埋下了伏笔。
5月初，清军包围了库车城，当时镇守库车的是小和卓的亲信阿卜都克勒木，城中也只有数百人。
不过，清军劳师远征，由于交通运输不便利，所以只带了4门老旧大炮，而库车城十分坚固，根本炸不动，于是只能用云梯发起进攻，结果数日都未攻入城中。
不久，小和卓就带着3000人来救援，但在城外的交战中，就损失了2600人，他只带着剩下的400人进入城中，加上城中的守军，满打满算只有600人。
这个时候，形势对清军来说一片大好，只要坚持攻城，一举拿下小和卓，那对平定南疆将大有裨益。
然而，或许是雅尔哈善太过轻敌，亦或是他像乾隆帝一样，也认为大和卓也趁机抓捕小和卓，总之他没有马上攻城，而是在军营中喝酒，结果小和卓就趁着夜色突围而出，逃之夭夭了。
最终，清军围攻库车三个月，得到的却是一座空城，乾隆帝很生气，下令将雅尔哈善斩首，由工部尚书纳穆札尔取代，受兆惠节制，率军向阿克苏进发。
二、清军在黑水营之战创造神话
小和卓突围之后，返回叶尔羌城，而被乾隆帝认为没有反叛的大和卓，却带着一万余人驻扎在喀什噶尔。
兆惠进入南疆的时候，带去了4000援军，使得清军总数达到了一万余人，与大小和卓兵力相当。
清军大军征讨的消息传开了，那些防守比较薄弱的城池纷纷投降，比如阿克苏、乌什、和阗，以至于整个南疆，除了喀什噶尔和叶尔羌之外，都被清军收复。
兆惠进入南疆一月有余，就收复了这么多地方，让他产生了轻敌心理，便决定先攻占叶尔羌，切断大小和卓出逃之路；再进兵喀什噶尔，逼迫大和卓肯定投降。
就连远在京城的乾隆帝都认为，“回部各城迎降相继，大功可计日而成”，于是开始考虑南疆各城伯克的人选，所谓伯克，差不多是土司的意思。
于是，兆惠不等纳穆札尔、石三泰率领的主力抵达，自己就带着四千人奔赴叶尔羌。
与此同时，乾隆帝写信给拉达克（今克什米尔东南）的头人们，告诉他们，一旦大小和卓逃到他们那里去，就抓捕送到清朝。
兆惠抵达叶尔羌城之后，发现该城很大，而大和卓坚壁清野，拒不出战，所有人口和粮食被全部集中到城内，于是他决定诱敌出城，但被大和卓识破。
由于兆惠兵力太少，无法做到围城，于是他派遣八百人前往喀什噶尔，防止小和卓来援，然后等待主力部队抵达。
当时，兆惠所部经过长途跋涉，十分劳累，他便下令大军驻扎在黑水边，只派遣少量兵力驻扎在各处险要位置，防止敌人偷袭。
10月13日，清军粮食不多了，兆惠侦查得知，有和卓士兵在城南放牧，牛羊数目不少，便决定亲自带人去抢夺牛羊作为食物。
当时，兆惠需要渡过黑水南岸前往城南，但大军刚走到桥中央的时候，桥就突然断了，许多士兵落水淹死。
恰在此时，小和卓带着五千人来援，大和卓也带着一万余人出城，两路人马对清军发起进攻。
很显然，放牧和断桥之事，是大小和卓精心设计的阴谋，为的就是全歼清军。
在激战当中，清军被截成数段，经过五天五夜交战，清军伤亡数百人，多位高级将领战死，兆惠的脸部也受了伤，还被大小和卓团团包围。
但是，兆惠不愧是名将，他从容自若，硬是在绝境中创造了神话。
眼看无法突围，兆惠便在黑水南岸修建修筑壕沟，这就是著名的黑水营，暂时稳住阵脚，大小和卓一时难以攻克。
兆惠
数日后，纳穆札尔、石三泰等闻讯，率领二百多骑兵急行军来援，但被大和卓率3000人拦截，最终全军覆没。
就这样，兆惠失去了援军，此时他手下尚有将近3000人，但缺少粮食和衣服，将士们都很饥饿和疲惫，但黑水营却异常坚固，大小和卓几次进攻都告失败，还损失了一千多人。
不得不说，兆惠带领的这支清军，无论是战斗力还是毅力，都堪称顶级。
大小和卓眼看无法攻克黑水营，便打算长期围困，等清军不攻自破。
期间，大和卓曾派人凿开黑水上游，试图来个“水淹黑水营”，但兆惠却下令挖井引水，清军非但没有被淹死，反而解决了饮水问题。
之后，大小和卓又使用过火攻、挖地道等手段，都被兆惠一一化解。
最绝的是，黑水营多树木，大小和卓在进攻的时候使用铅弹，结果嵌入树木中，兆惠则命人将树木砍掉，将铅弹取出，结果清军弹药充足，持续保持了反击能力。
兆惠被围困三个月之后，军粮彻底耗尽，就连战马、皮革都被吃掉了，附近的猎物也打光了，眼看快撑不下去了，援军终于抵达了。
原来，乾隆帝在得知兆惠被围困在黑水营之后，派遣富德等人率军8500人，战马2万匹奔赴叶尔羌解围。
在呼尔满，富德与大小和卓的5000人相遇了，双方爆发激战，尽管清军占据优势，但大量战马经过日夜行军后不断累死，导致清军极度缺少战马，一下子由骑兵变成了步兵。
在这种情况下，清军依然在大戈壁中与大小和卓军队激战数日，经大小战斗十余次，最终取得胜利，一共斩杀一千余人。
正月初八早晨，兆惠听到远处隐约有枪炮声，又见围困自己的和卓军减少了，料想援军到了，于是分两路突围，并派人联系富德。
经过六天激战，兆惠最终于富得会合，一起退往阿克苏，乾隆帝得知将军以下都活下来了，高兴得差点流下眼泪。
兆惠上书为自己的轻敌冒进请罪，但乾隆帝认为他在黑水营之战的表现很好，于是赦免其罪。
黑水营解围之后，大小和卓一万五千多人奈何不得三千清军的消息很快就传出，许多人对大小和卓的能力产生质疑，价值进入南疆的清军越来越多，让许多人感到害怕，于是纷纷投降清朝，大小和卓逐渐陷入孤立。
三、清军三战三捷，扬名帕米尔高原
1759年2月，大小和卓明显感受到支持自己的维吾尔人越来越少，为此感到十分忧虑，于是派人联系了葱岭（帕米尔高原）以西的巴达克山、浩罕等国，准备西逃寻求庇护。
不久后，降而复叛的和阗再次被清军占领，消息传来，叶尔羌城人心思动，大小和卓也感到十分害怕，于是加紧准备西逃，开始秘密转移家眷、财物，并在当地向百姓勒索粮食、马匹。
不久后，大小和卓决定逃往巴达克山，再由巴达克山前往痕都斯坦（今克什米尔地区南部及巴基斯坦北部）。
就在大小和卓策划逃亡的时候，兆惠、富德正在筹措军粮，在当地伯克的建议下，二人确定了先攻喀什噶尔，再取叶尔羌的策略。
6月，兆惠、富德各自率领1.5万人出发，分别向喀什噶尔和叶尔羌进军，大小和卓连忙逃走，但逃走之前带走了居民一千五百户，以及亲信的家眷、奴仆千余人。
如此一来，大小和卓逃亡的总人数就达到了两万余人，并携带了大量搜过的金银财宝和粮食。
为了追剿大小和卓，兆惠派遣参赞大臣明瑞率领两千轻骑追击，同时派人传话给浩罕、那木干、安集延、玛尔噶朗等国，让他们协助抓捕大小和卓。
明锐出发后，一路追击到葱岭，在霍斯库鲁克岭（在喀拉湖以北）追上的大小和卓，但掉进了埋伏圈。
大小和卓率领六千人向清军发起俯冲，当时清军已经十分疲惫了，但明瑞依然下令仰攻山峰，双方激战三小时，最终清军伤亡三百人，歼灭了大小和卓五百人。
此战清军虽然取胜，但大小和卓却逃走了，因为清军太过疲惫，根本无力追赶。
7月初，富德、阿里衮与明瑞在喀喇乌苏会合，挑选了精兵四千人，准备追击大小和卓，不久侦查得知大小和卓就前方一百余里的戈壁当中，于是火速出击，最终在阿尔楚尔（在今塔吉克斯坦境内）追上了大小和卓。
此战由富德亲自指挥，他下令火器营、健锐营居中，再派遣两路人马从侧翼发起进攻，双方激战一整天，清军歼敌一千余人，斩杀大将阿卜都克勒木，俘虏五十人，取得大胜，但狡猾的大小和卓再次趁乱逃走。
此后，清军继续追击大小和卓，日行一百余里，追击到巴达克山境内的一处山岭，富德发现这里山高石多，道路狭窄，易守难攻，于是留下五百人镇守，自己则带着一千人先行，最终在伊西洱库尔淖尔追上了大小和卓。
大小和卓见自己都已经逃到巴达克山了，清军还死追不舍，这是要把自己往绝路上逼，于是用大炮以死相抗。
富德见状，便挑选了几十名健锐营、索伦鸟枪兵，仰攻北路山岭，又让人树立维吾尔人旧时的旗帜以招降和卓兵。
这一招很奏效，许多和卓兵本不愿意远走他乡，都是被大小和卓逼的，又见清军进攻甚急，于是纷纷投降，大小和卓只带领妻妾、奴仆等三数百人出奔巴达克山。
此战清军收降和卓士兵、平民一万余人，至此清军在帕米尔高原三战三捷。
要知道，帕米尔高原平均海拔4500米，空气非常稀薄，而且山脉众多、地形复杂、冰川广布，非常不利于行军作战，清军却能对大小和卓以少胜多，取得三战三捷的巨大胜利，实属不易。
四、大小和卓的彻底覆灭
巴达克山是帕米尔高原西部的一个国家，在今天的阿富汗东北部，清朝的时候比较弱小。
大小和卓进入巴达克山之后，富德也很快就率军尾随而至，他一面加紧追击，一面又派人告诉巴达克山各部落，让他们配合抓捕巴达克山。
7月12日，依附于大小和卓的厄鲁特头目沙喇斯、玛呼斯带着六百人逃走，但被清军拦住，剿灭二百余人，余部投降，至此大小和卓失去盟友，形势越发不利。
7月18日，富德派人到巴达克山都城租阿巴特（今阿富汗巴达赫尚省首府法扎巴德），晓谕巴达克山苏丹素勒坦沙，让其抓捕大小和卓献给清军。
7月26日，大小和卓抵达租阿巴特城下，派人入城面见素勒坦沙，恰巧清军使者也抵达了，于是双方就见面了，还爆发了一次争辩，清军使者怒斥大小和卓的罪行，大小和卓的使者无法辩驳。
不过，狡猾的素勒坦沙选择两边都不得罪，只让大小和卓的使者都先回去，清军使者则暂留，但不久大小和卓就自己作死。
7月28日，素勒坦沙邀请大小和卓入城商议，毕竟大家都信仰伊斯兰教，有事好商量。
大小和卓商议之后，决定由大和卓入城，小和卓则在陈兵城外，为了保护大和卓的安全，小和卓还扬言，“若将清使交出，则愿为巴达克山奴仆”，遭到素勒坦沙拒绝，他便率军对城外的村庄进行劫掠，杀了不少人，抢了不少食物和钱财。
小和卓此举彻底惹恼了素勒坦沙，于是扣押大和卓，并发兵数千攻打小和卓，最终将小和卓身负重伤胡被捕。
素勒坦沙将大小和卓囚禁起来，并派人通知富德，富德令其献俘，但素勒坦沙认为大小和卓是伊斯兰教先知的后裔（穆罕默德女儿的后裔），如果交给清军，邻国恐怕不服，请求清军宽免。
其实，素勒坦沙既想得到清军庇护，从而攻打反对自己的几个部落，又担心交出大小和卓，从而惹怒几个邻国，所以十分犹豫。
富德
其实富德也很犹豫，他此行的目的就是抓捕大小和卓，总不能空手回去，既然素勒坦沙不愿意交出大小和卓，那他只有武力解决问题了，但问题是没有得到乾隆帝的允许，不能草率行事。
没过多久，富德就得到了一个好消息，乾隆帝了解到情况后，给他下达了旨意：
倘二贼被获情事不实，……即将拔达克山部落一并办理，亦无不可
乾隆帝要求富德必须得到大小和卓，如果巴达克山不交人，就灭了巴达克山！
富德便派人将乾隆帝的意思告诉素勒坦沙，素勒坦沙恐惧万分，左右权衡之后，决定杀掉大小和卓，谎称二人是与清军作战受伤而死的，然后将二人交给清军，这样就既不得罪邻国，也不得罪清朝了。
至此，大小和卓彻底平定，清军返回南疆，乾隆帝论功行赏自不必说，还于十一月派人在叶尔羌城、伊西洱库尔淖尔湖畔立碑，用满、汉、维三种语言记载清朝的功绩。
而随着大小和卓的平定，南疆终于真正纳入清朝版图，清朝与中亚、南亚的贸易通道也打通，乾隆帝在新疆实施了一系列改革，稳固了清朝对新疆的统治，促进了新疆的经济发展。
平定大小和卓是清朝统一全国的最后一战，天山南路复入中国版图，清朝的版图正西端延伸至帕米尔以西的喷赤河流域，达到鼎盛。
平定回部献俘
而清朝还通过平定大小和卓，尤其是在帕米尔高原三战三捷，极大震慑了中亚诸国，与新疆相邻的浩罕、布哈尔、安集延、巴达克山、爱乌罕（阿富汗）、博洛尔、乾竺特（坎巨提）等国，纷纷向清朝臣服，清朝国力由此达到鼎盛，成为当之无愧的亚洲霸主。
