民众党前主席柯文哲因涉京华城弊案、政治献金侵占案遭到羁押，民众党也于本月3日至4日进行民调，结果显示有35.2%受访者认为检察官起诉程序不公正，42.8%认为未遵守侦查不公开原则。对此，吕秀莲在12日表示，自己对于目前可以说是崩解的司法“觉得非常心痛”；她也提到案件透过特定媒体泄漏消息、这几个月来都是媒体在办案，法务部至今都没有处理跟特定媒体的关联，因此她认为民众党的民调还算太客气。
吕秀莲日前接受资深媒体人黄暐瀚专访，针对外界对司法的不信任，她表示自己是学法律的，对目前可以说是崩解的司法“觉得非常心痛”，民调只有35％不信任司法，但她认为应该50％以上都不相信。这当中有几个问题，首先是蔡英文主政以来，改革司法似乎没看到有效的成果；接着赖清德最近的大法官提名又完全受到挫折，再加上柯文哲案，引起“信”跟“不信”很大的差别，这都跟司法及媒体很有关系。
吕秀莲提到，一旦进入司法程序就应侦查不公开，但是结果不是，全面对外报告外还只选择特定的媒体泄漏消息，这点本身就违法，但法务部到现在却都没有处理，跟特定媒体是什么关系？这个事证太明显了。
吕秀莲指出，第二，因媒体拿到一点资料，结果这几个月来其实每天是媒体在办案，而不是司法在办案，现在的司法院长是代理、法务部长是谁可能大家也都不认识，所以整个司法的崩解是非常严重，加上监察院几乎被冰冻的，或者其“自我冰冻”，谁感觉到监察院的存在？所以她认为民众党的民调还算太客气。
吕秀莲也表示，最近地检署分阶段发布发表柯文哲起诉书时，先是短短的几页再到100多页、到了近日的800页版本也出现，很多人抓到短短的一点就开始评论，这也是对司法很大的伤害。有人提醒她，起诉书中间有一段讲到“傅冬菊计划”，任何人都应该对历史稍微了解，台北地检署的起诉书中这段也是摘取一小部分，所以语焉也不详，现在800页出来了，“我倒呼吁认真的媒体人，去看一下是不是好好抓这一段”，也要让小草认识历史，然后好好想想“你的选择与认同是正确吗？”
吕秀莲认为，2014年崛起的柯文哲到现在整整10几年，耗尽台湾多少的社会资源，全部都集中在他身上，吸引了多少年轻、对民主政治一知半解的人都跟着他走；若将来法院判决是对柯文哲不利的话，因为现在看来事态也很明显，柯文哲绝对有违法的地方，再更深一度讲，假如跟所谓“傅冬菊计划”有关的话，这问题非常严重。
吕秀莲最后也提醒媒体、专家、学者要开始思考，反省这10年来，为什么让先是帮柯文哲造神，柯文哲现在突然从神坛跌下来，还再重复犯这样的错误？台湾的政客还不够多？“我们还要继续来制造、捧红造就政客吗？这个是非常非常严肃的问题。”
