在遵义会议上，毛主席被选为常委，当时的常委共有5人：张闻天、周恩来、毛泽东、博古、陈云。会议第二天，大家对常委的工作进行了分工，毛主席于是重新回到军队的领导岗位，参加对中央红军的军事指挥。
中央和中央红军离开遵义后，毛主席等人根据敌情的变化，采取了高度机动灵活的运动战方针，做出了转兵、缩编等重大政策。
二渡赤水后，毛主席指挥部队击溃王家烈的8个团，消灭吴奇伟的2个师，缴获了大量物资，俘虏3000多人，取得了长征路上的第一个重大胜利。毛主席为此写下了他著名的词作《忆秦娥·娄山关》：
西风烈，长空雁叫霜晨月。霜晨月，马蹄声碎，喇叭声咽。
雄关漫道真如铁，而今迈步从头越。从头越，苍山如海，残阳如血。
随着战役的胜利，张闻天从实践中更加相信和敬佩毛主席的战略战术原则和军事指挥才能。于是，他提议应该成立一个前敌指挥部，由毛主席担任前敌总指挥，以加强统一作战。
毛主席在担任前敌总指挥后不久，红一军团就向中央发出了攻打打鼓新场的建议。中央于是在鸭溪召开政治局扩大会议，讨论了这个问题。在鸭溪会议上，绝大多数同志都主张打，只有毛主席坚持主张不打，会场上争执不下，毛主席最后声言要辞去前敌总指挥的职务也无法改变大家的想法。会后，前敌总指挥的职务由彭德怀同志暂时代理。
散会之后，毛主席对攻打打鼓新场的决定感到不安，于是又去找了周恩来谈话，希望大家都能冷静下来想一想。经过毛主席的说服工作，最后大家才放弃了攻打打鼓新场的决定，避免了在军事上造成损失。
鸭溪会议之后，考虑到战场上时间就是生命，过多的讨论可能对战争产生负面的影响，毛主席提议，中央应该组建一个新的全权军事机构指挥军事。张闻天认为军事指挥必须临机决断，经常开会对指挥不利，而他又对打仗不熟悉，是外行，对这个建议表示赞同。
于是，新的“三人团”就成立了，成员为毛主席、周总理和王稼祥。这意味着，毛主席进入了当时最重要的军事领导机构，表明他的正确主张进一步为全党、全军所接受，领导地位进一步明确。
在“新三人团”成立后，长征在毛主席的指挥下进行，随后就是著名的“四渡赤水”之战。这一系列复杂的战役，充分体现了毛主席运动战战略思想的巨大威力，毛主席后来曾说，四渡赤水是他一生的得意之笔，甚至要超过三大战役。
不过，在当时的情况下，并不是所有人都能理解四渡赤水的精妙绝伦之处。当时，不少人对毛主席指挥红军时常转移，有时向东，有时向西，有时候走新路，有时候走老路的作战方针并不理解，虽然大家都坚决执行命令，但7一些人心里有不同意见，埋怨部队只走路不打仗，部队没有打垮，倒是要被走路拖垮了。
当时不仅是一、三军团一些人想不通，“新三人团”中的王稼祥对这个战法也看不明白，他找到当时的“总负责”张闻天，说部队老打圈圈不打仗，这样下去不是办法，希望可以开会解决这个问题。
5月9日，随着红军渡过金沙江，在行动上取得了主动，在这样的背景下，会理会议得以召开。
在会理会议上，毛主席批评了一些人所谓的“走弓背路”的谬论，指出：“现在为了摆脱追敌不肯多吃一点苦，将来就会吃更多的苦。”怀疑和动摇是右倾的表现。
在这次会议中，毛主席还不点名地批评了张闻天，以为是他在背后挑动了这股不满。张闻天虽然内心感觉委屈，但大敌当前，团结为重，在会上和会下都没有作解释。
会理会议开了两三天，最后由张闻天做结论，肯定从遵义会议以来，毛主席的军事指挥是正确的，批评了一些人反对机动作战，在部队中叫苦，甚至企图改变军事领导的错误。
张闻天的信条是，真理在谁手里跟谁走。他又觉得，在革命队伍中发生争论是常见的事。正确的意见、方针，也要通过讨论或者争论，通过实践，使人们认识到这样是正确的，才能得到观察执行。会理会议上的一番争论，让大家理清了思路，统一了认识，再加上当时战事紧张，涉及个人之间的误会他并没有当成一回事。会议结束后，他又抱着“日久见人心”，“事久自然明”的态度，将这件事搁置了起来。
张闻天的夫人刘英说：闻天内向，不善于和别人随便谈心，沟通思想，这样往往产生隔阂和误解。
她的这句话在1941年得到了验证，当时在一次小范围的会议上，有人批评会理会议前，张闻天曾调拨军队领导同志反对三人小组。张闻天回去之后连夜写了一封信，申明当时的情况，但他的性格又是那样，写完之后又觉得没必要解释。
到了1943年，在整风运动期间，刘英提醒张闻天，会理会议是一件重要的事情，你这一次要抓住机会，把这个问题说清楚比较好。张闻天接受了刘英的建议，趁着大家都在延安的机会做了解释。
张闻天在自己的笔记写道：说我曾经鼓动反对三人小组，完全是误会；会理会议上，我的报告大纲是同毛主席、王稼祥商量过的……
张闻天写完这篇长达5万多字的笔记后，首先送给毛主席看。毛主席看完后，亲自来到张闻天的窑洞送还笔记。他高兴地张闻天说：“我一口气把它读完了，写得很好！”
张闻天听后心情舒畅，说毛主席终究是了解我的，误会也可以从此消除了。
1959年，张闻天在庐山上又专门为此事做了解释，他说：在这24年中，主席大概讲过4次，我没有去向主席申明此事，也没有同其他任何同志谈过此事。从现在的经验教训来看，还是应当谈清楚的好，以免积累算总账，同时也可以避免挑拨者利用。
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