"黄花塘"事件对陈毅的打击很大，直到去世之前，饶漱石等人被法办，仍然没能恢复陈毅在新四军军队中的威望。
陈毅和饶漱石，一个是军长，一个是政委，一个处理军内关系，一个处理党政关系，但两人经常针锋相对，根本无法正常合作。新四军政委饶漱石不与党组织合作已经不是首次，早在皖南事变之后，他就曾率领部队消失两个月之久，在此期间不与上级联系，没人知道他去了哪里。后来，为了维持军内团结，毛泽东和刘少奇两人曾出面担保，饶漱石这才从失联风波里走出来。
1942年，中央决定在军内进行整风运动时，陈毅考虑到此前在井冈山时期矫枉过正，当时说起此事时，曾提醒政委饶漱石要注意把握原则。但饶漱石对此极为不满，明明自己的才是抓军风一把手，哪里轮得到你来教训我。饶漱石将陈毅的事情上报给党中央，罪名就定为"资产阶级"，至于原因，姑且就是陈毅平时太能吟诗作词了，简直就是地地道道的小资。但中央并没有对此事发表过多的意见，陈毅是大将军，饶漱石也不简单，况且两人谁胜了对部队也不是好事。
过了没多久，整风运动形势更为严峻了。在一次军委会议上，饶漱石提出自己的工作太多，可以分担一些给其他人，但要保留书记和政委的职务。等到饶漱石走了后，陈毅和军中的几位干部商量，免去饶漱石政治部主任一职。没等饶漱石回来，陈毅等人就电报中央同意。
得知此事的饶漱石极为生气，虽然政治部主任比政委低半级，但政治部主任属于现管，对军中的不少事情都能亲手处理，而政委虽然名义上等级比较高，但大多管的是宏观上的政治工作，实权并不是很多。饶漱石立即通过专用电台汇报给党中央，控告陈毅等人夺权。中央同意了他的请求，对陈毅开展整风。
这一整就是一个多月，后来还把陈毅的"夺权"行为下放到各单位，用于警醒干部。直到1943年底，陈毅离开了新四军，奔赴延安参加"七大"。
达到延安后，毛泽东知道陈毅要提起"黄花塘"事件，就先发制人告诉陈毅说："谈战争经验可以，但与饶漱石的问题就不要再提了"。陈毅此人也是个政治性很强的将领，于是就没再谈论。在延安时期，由于要准备"进京赶考"，陈毅一直处于忙碌的状态中。
就这样，陈毅几乎是脱离了和新四军的联系，一直到重庆谈判后，蒋介石掀起内战。华中战事紧张，急需一名将领主持大局，毛泽东再次喊来了陈毅说明此事。但陈毅介于饶漱石还在华中，自己去了也是坐冷板凳，直接回绝了毛泽东。
"只要你坐在那里就会起作用"，毛泽东对陈毅直言不讳。话都说到这里，陈毅便没有不去的道理。没过几天，陈毅与其他二十多名将领就乘飞机达到上析，然后向着自己的战区迈进。此时，全国已经开始了对解放区土地的圈占，国共双方谁事先抵达，谁就是那里的首领。
就在这时，毛泽东和蒋介石共同盯上了东北。在历年的征战中，东北地区至关重要，不仅有兵工厂，还能扼住北方咽喉。华东军区军长、政委罗荣桓被调往东北，华东战区一时没了主心骨。相比还有政委和代军长的华中军区，华东似乎更需要陈毅。
还没等陈毅到达华中战区，中央急忙下令，命陈毅等人前往华东军区。在山东，由于华东军区底子不好等因素，几位高管对陈毅是听而不从，导致陈毅的战果并不理想。没多久，向来支持陈毅的粟裕赶赴山东，这才让华东军成为让敌军闻风丧胆的铁军。
